GVIZ.

DOI：10.18129 / b9.bioc.gviz

沿基因组坐标绘制数据和注释信息

Bioconductor版本：释放（3.13）

基因组数据分析需要综合可视化的已知基因组信息和新的实验数据。GVIZ使用BioMart和Rtracklayer软件包将实时注释查询执行到EnsemBl和UCSC并将其转换为例如：网格图形包装的视口中的基因/转录结构。这导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者：Florian Hahne [Aut]，Steffen Durinck [Aut]，Robert Ivanek [Aut，CRE]，arne mueller [aut]，steve lianoglou [aut]，ge tan [aut]，lance parsons [aut]，shraddha pai [aut]，thomas mccarthy [ctb]，felix ernst [ctb]，mike smith [ctb]

维护者：Unibas.ch的Robert Ivanek

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！procennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“gviz”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	GVIZ用户指南
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.36.0
在生物导体中以来	BIOC 2.10（R-2.15）（9年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0），方法，S4Vectors.（> = 0.9.25），绞喉（> = 1.99.18），Genomicranges.（> = 1.17.20），网格
进口	xvector.（> = 0.5.7），rtracklayer.（> = 1.25.13），格子那rcolorbrewer.那生物雕（> = 2.11.0），annotationdbi.（> = 1.27.5），BioBase.（> = 2.15.3），基因组法（> = 1.17.22），Ensembldb.（> = 2.11.3），bsgenome.（> = 1.33.1），生物仪器（> = 2.33.11），Biovizbase.（> = 1.13.8），RSAMTOOLS.（> = 1.17.28），latticeextra.（> = 0.6-26），MatrixStats.（> = 0.8.14），基因管理（> = 1.1.16），genomeinfodb.（> = 1.1.3），生物根系（> = 0.11.3），消化（> = 0.6.8），图形，GRDEVICE，统计数据，UTILS
链接到
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/ivanek/gviz.
Bugreports.	https://github.com/ivanek/gviz/issues.
取决于我	Biomvrcns.那Chimeraviz.那西塞罗那彗星那腹带那DMRFORWAIRS.那甲基疗法arrayAlysis.那PVIZ那rnaseqgene.
进口我	等位基因矛纪那阿尔卑斯山那aspediafi.那Aspli.那CageFightr.那dmrcate.那dmrcatedata.那埃尔默那Genestructuretools.那基因组互动那蒙越者那McSea.那一顿饭那甲烷分析那甲基皮脂那MotifBreakr.那p那妊娠期那Proactiv.那Regutools.那ramodr.那rnamodr.allanilineseq.那rnamodr.Ribomethseq.那碎片那Srnadiff.那斯坦那TrackViewer.那TVTB.那undodapplib.那变型滤波器
建议我	annmap.那CageWorkflow.那Cellbaser.那chipseqdb.那克那cnvranger.那德布勒那Ensembldb.那Genomicranges.那Gwascat那互动神血那潮流器那PI.那pqsfinder.那Quasr.那rnbeads.那single.mtec.transcriptomes.那拼接照片那tfutils.
链接给我
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包档案包

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源包	gviz_1.36.0.tar.gz.
Windows二进制文件	gviz_1.36.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	gviz_1.36.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/gviz.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ gviz
包短网址	https://biocumon.org/packages/gviz/
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