Glimma

DOI:10.18129 / B9.bioc.Glimma

交互的HTML图形

Bioconductor版本:版本(3.15)

这个包为分析RNA-sequencing生成交互式可视化数据使用输出从limma,磨边机或者DESeq2包在一个HTML页面。的相互作用是建立在流行的静态表征的分析结果,以提供额外的信息。

作者:Shian Su (aut (cre) Hasaru Kariyawasam (aut),奥利弗Voogd (aut),马修·里奇(aut)慈善法(aut),艾萨克·斯图尔特·李(施)Virshup(施)

维护人员:Shian <苏苏。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Glimma”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Glimma”)

HTML	R脚本	DESeq2
HTML	R脚本	介绍使用limma或磨边机
HTML	R脚本	单个细胞和磨边机
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	htmlwidgets,刨边机,DESeq2,limma,SummarizedExperiment统计数据,jsonlite、方法、S4Vectors
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,IRanges,GenomicRanges,pryr,AnnotationHub,scRNAseq,嘘,食物
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2
BugReports	https://github.com/hasaru-k/GlimmaV2/issues
取决于我	RNAseq123
进口我	affycoretools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Glimma_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	Glimma_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Glimma_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Glimma
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Glimma
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Glimma/
包下载报告	下载数据