- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- GeomxTools
GeomxTools
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.GeomxTools
NanoString GeoMx Tools
Bioconductor版本:发行版(3.16)
纳米线技术的工具。包提供了基于ExpressionSet派生对象读取DCC和PKC文件的函数。规范化和质量控制功能也包括在内。
作者:Nicole Ortogero [cre, aut]， Zhi Yang [aut]， Ronalyn Vitancol [aut]， Maddy Griswold [aut]， David Henderson [aut]
维护者:Nicole Ortogero
引文(从R内，输入引用(“GeomxTools”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GeomxTools”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | GeoMxSet对Seurat和SpatialExperiment对象的强制 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 开发人员介绍NanoStringGeoMxSet |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 蛋白质数据使用GeomxTools |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 3.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 麻省理工学院 |
| 取决于 | R (>= 3.6)，Biobase，NanoStringNCTools，S4Vectors |
| 进口 | BiocGenerics，rjson，readxl，EnvStats，reshape2，方法，utils，统计，data.table，lmerTest，dplyr，stringr， grDevices，图形，GGally，rlang，ggplot2，SeuratObject |
| 链接 | |
| 建议 | rmarkdown，knitr，testthat(>= 3.0.0)，平行，ggiraph，修拉，SpatialExperiment(> = 1.4.0),SpatialDecon，拼接而成 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | GeoMxWorkflows |
| 进口我 | GeoDiff，SpatialDecon |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GeomxTools_3.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GeomxTools_3.2.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | GeomxTools_3.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GeomxTools_3.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeomxTools |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeomxTools |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GeomxTools/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
