GeoDiff

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeoDiff

微分表达式和归一化计算模型基于GeoMx RNA数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

一系列的统计模型使用计数为背景建模,生成分布特性和样本质量,规范化和微分表达式GeoMx RNA分析数据。通过例子说明了这些方法的应用数据分析装饰图案。

作者:妮可Ortogero (cre), Lei杨(aut)之杨(aut)

维护人员:妮可Ortogero < nortogero nanostring.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeoDiff”)

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文档

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HTML	R脚本	Workflow_WTA
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.2
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0),Biobase
进口	矩阵,健壮的,plyr,lme4,Rcpp(> = 1.0.4.6),withr、方法、图形数据,testthat,GeomxTools,NanoStringNCTools
链接	Rcpp,RcppArmadillo,roptim
建议	knitr,rmarkdown,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff
BugReports	https://github.com/Nanostring-Biostats/GeoDiff
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GeoDiff_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	GeoDiff_1.4.2.zip
macOS二进制(x86_64)	GeoDiff_1.4.2.tgz
macOS二进制(arm64)	GeoDiff_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeoDiff
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeoDiff
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GeoDiff/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeoDiff/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档