Genomicranges.

DOI：10.18129 / b9.bioc.genomicranges.

基因组间隔的表示和操纵

Biocometiond版本：释放（3.12）

有效地表示和操纵基因组注释和对准的能力在分析高吞吐量排序数据（A.K.A.NGS数据）时扮演核心作用。基因组ranges包定义了用于存储和操纵沿基因组定义的基因组间隔和变量的通用容器。用于代表和操纵对参考基因组的短对准的更多专用容器，或者实验的矩阵状概述分别在基因组和概括的应用程序中定义。这两个包都构建在基础设施的基础设施之上。

作者：P.Aboyoun，H.Pagès和M. Lawrence

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“genomicranges”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“Genomicranges”）

HTML.	r script.	1.介绍基因组繁文包
PDF.	r script.	2. Genomicranges Howtos
PDF.	r script.	3.快速介绍古玩和格兰切斯列表对象（幻灯片）
PDF.	r script.	4.您不知道的十件事（2016年BIOC幻灯片）
PDF.	r script.	5.扩展基因组
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.42.0
在生物导体中以来	BIOC 2.6（R-2.11）（11年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 2.10），方法，stats4，生物根系（> = 0.25.3），S4Vectors.(> = 0.27.12),绞喉（> = 2.23.9），GenomeInfoDb（> = 1.15.2）
进口	utils，stats，xvector.（> = 0.29.2）
链接到	S4Vectors.那绞喉
建议	矩阵那BioBase.那annotationdbi.那注释那生物仪器（> = 2.25.3），概括分析（> = 0.1.5），RSAMTOOLS.（> = 1.13.53），基因管理那rtracklayer.那bsgenome.那基因组法那GVIZ.那VariantAnnotation.那AnnotationHub那deseq2.那Dexseq.那edger.那keggraph.那rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.那Pasillabamsubset.那kegg.db.那hgu95av2.db.那hgu95av2probe.那bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer2.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那txdb.athalana.biomart.plantsmart22那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那运行那消化那kn那生物焦
系统要求
加强
URL.	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicRanges
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/genomicranges/issues.
取决于我	等位基因矛纪那Anufinder.那annmap.那annotationhubdata.那baalchip.那Basic4cseq.那Basicstarrseq.那贝凯那Biomvrcns.那Biseq.那BNBC.那BPRMeth.那breakpointR那bsgenome.那bsseq那Bubbletree.那Bumphunter.那咖啡店那CageFightr.那卡斯珀那Champdata.那收费那嵌合体那chimeraviz那ChipanAlyser.那浮雕那Chippeakanno.那chipqc.那chipseq.那Chromplot.那chromstaR那ChromSchitch.那Cindex.那cn.mops.那CNVGSA.那CNVPanelizer.那cnvranger.那可可那COMPETOOLS.那共识那CSAR.那CSAW.那CSSQ.那Deepsnv.那descan2.那deseq2.那Dexseq.那困惑那diffHic那DMCFB.那DMCHMM.那dmrcaller.那DMRFORWAIRS.那dnashaper.那eatonetalchipseq.那EnrichedHeatmap那ensembldb那Ensemblvep.那Epigenomix.那表演那esatac.那eupathdb.那外套那exoMecopy.那快速那FCCAC.那Funchip.那genebreak.那generxcluster.那基因管理那基因组法那基因组夫妇那基因组唑.那基因组织那基因组那genoset那Geuvstore2.那GMAPR.那Gmoviz那GMRP.那哥特那格雷比亚斯核糖那GROHMM那Gtrellis.那GUIDESEQ.那吉他那GVIZ.那Helloranges.那hiAnnotator那hit那德国兹那IGVR.那inpas.那划那incansv.那互动那兴趣那iwtomics.那Karyploter.那升降机那蒙越者那Mbased.那梅丽莎那metagene那Metagene2.那meth那甲烷分析那Methylkit.那甲基皮脂那Minfi.那motifdb.那MotIV那msgbsr.那mutationalpatterns.那Nadfinder.那omiccircos.那orfik.那季节性ddna.那PGA.那普利兰语那Podkat.那Quasr.那r3Cseq那raggedexperiment.那r那rcade.那补偿那林那RepViz那RFPRED.那r那Riboseqr.那RibosomeProfiling QC那rjmcmcncnucosomes.那ramodr.那rnbeads.那rnbeads.hg19.那rnbeads.hg38.那rnbeads.mm10.那rnbeads.mm9.那rnbeads.rn5.那RSAMTOOLS.那rsvsim那rtracklayer.那scale4c.那划分那范围那Semmentseq.那SEQBIAS.那SEQCAT.那SEQGATE.那测序那SGSEQ.那Sictools.那sigfuge.那屏那斯文那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那Somaticsignatures.那StrafturalVariantAnnotation.那概括分析那tarseqqc.那TNT.那TrackViewer.那rissview.那tra利用那TRNA.那trnadbimport.那Trnascanimport.那香草那VariantAnnotation.那variantexperiment.那Varianttools.那vplotr.那vtpnet.那vulcan.那波兰人那WGSMAPP那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那耶稣
进口我	高手那aldex2.那高山那阿尔卑斯山那扩增人那annotationfilter那annotatr.那Apalyzer.那apeglm.那嗯那ArrayExpresshts.那aspediafi.那ASpli那评估员那Atacseqqc.那BadregionFinder.那舞会礼服那Bambu.那Bamsignals.那Bbcanalyzer.那Beadarray.那打那一条页那Biocio.那Bioconcotk.那Biotip.那Biovizbase.那Biscuiteer.那Biseq.那脑流量体面那Branchpointer.那Brgenomics.那bsgenome.那海滩那蛋糕那cbioportaldata.那Cexor.那cgdv17.那冠军那别致那Chipenrich.那chipenrich.data.那chipexoqual.那Chipseeker.那chipseq.那chipseqr.那chipseqspike.那Chromwaw.那ChromHeatMap那Chromscape.那Chromvar.那西塞罗那circRNAprofiler那Cleanupdtseq.那克那cnvfilter.那彗星那Compartmap.那cont那骗子那CopyNumber.那CopyNumberplots.那撰稿人那宇宙.67那CoverageView.那Crisprseekplus.那Crisprvariants.那customProDB那DAMEFINDER.那司布那德布雷斯勒那decompTumor2Sig那德布勒那畸形那degnorm.那deltacapturec那德内捷德那derfinderplot那德沃瑟那差异那dmrcate.那DMRSCAN.那DMRSEQ.那多米诺骨牌效应那德里姆瑟克那easyrnaseq.那edaseq.那Eisar.那埃尔默那elmer.data.那eNCODEXPLORER.那enrichtf.那EPITXDB.那Epivizr.那Epivizrdata.那erma.那eventPointer.那exoMepeak2.那FcScan.那Filterffpe.那fitcons.ucsc.hg19.那Fourcseq.那弗雷泽那funcisnp.那GA4GHclient那GCAPC.那genbankr那基因测定那GenegeneInter那创世纪那Genestructuretools.那genogam.那基因组那GenomeIntervals.那基因管理那GenomicDataCommons那基因组互动那GenotyPeeval.那Genvisr.那GGBase.那GGBIO.那GGTools.那Gofuncr.那GPART.那gqtlbase.那gqtlstats.那Gwascat那H5VC那暖步那HiCBricks那hiccompare.那希伯特科那希尔达那HireadsProcessor.那htseqgenie.那蜂鸟那冰茶那理想的那IDR2D.那IMAS.那检查那潮流器那IPDDB.那IsoformSwitchAnalyzer.那isomiRs那迭代那IVAS.那JunctionSeq.那Karyploter.那Leebamviews.那loci2path.那萝拉那索细那lumi.那宏伟那Madseq.那mafdb.1kgenomes.phase1.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5.那mafdb.1kgenomes.phase3.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.grch38.那mafdb.exac.r1.0.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5.那mafdb.gnomad.r2.1.grch38.那MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5那mafdb.gnomad.r3.0.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5.那mafdb.topmed.freeze5.hg19.那mafdb.topmed.freeze5.hg38.那mafh5.gnomad.r3.0.grch38.那McSea.那MDTS.那餐那冰雹那Megadepth.那METASEQR2.那Methcp.那MethiLheritsim.那methreg.那methrix.那甲烷分析那Methylcc.那甲基术那MethylSeekR那methylseqdata.那甲基氏那methylumi那最小值那米拉那MissMethyl.那mmapp2.那mmdiff2.那modstrings.那马赛克那MotifBreakr.那motifmatchr.那Mousefm.那MultiAsaySayexperiment.那multicrispr那多atAdataset.那多种审核那Musicatk.那nanomethviz那ringerpeaks.那ncRNAtools那邻近那netdx.那诺斯那诺考那核核酸那oligoclasses.那omadb.那OpenProper.那有机族那Organismdbi.那探险者那Packfinder.那网页排名那Panelcn.mops.那过去的那pcaexplorer.那佩珀纳特那百事可乐那Phastcons100way.ucsc.hg19.那phastcons100way.ucsc.hg38那Phastcons7way.ucsc.hg38.那PI.那图片那p那pqsfinder.那摇篮那预先那预先进程那PrecisionTrialDrawer.那妊娠期那Proactiv.那验证那profflewlactiple.那pur那PVIZ那粉末那QDNASEQ.那QPGraph..那QSEA.那QTLizer.那R3CPET.那r453plus1toolbox.那Rarevariantvis.那RCA.那rcgh.那叙事那追叙3.那revountworkflow.那林那RegionReport.那Regutools.那重新那repitools.那RGADEM.那RGMQL.那Rhisat2.那riboprofiling那RIPAT.那rmmuant.那rnaEditr那rnamodr.allanilineseq.那rnamodr.ml.那rnamodr.Ribomethseq.那rnaprobr.那rnaseqmap.那怒吼那rtcgatoolbox.那sc那抚慰那得分invhap.那SCPIPE.那scrnapeq.那颈背那sc那seq2pathway.那SEQARRAY.那seqpattern.那seqplots.那seqsetvis.那SEQSQC那SEQVARTOOLS.那芝麻那sevenC那缩短那签收那Sigspack.那辛染那simulatorZ那snapcount.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38.那Soggi.那SomaticCencealterations那Sparsesignatures.那Spectraltad.那拼接照片那碎片那Srnadiff.那斯坦那Strandcheckr.那Systempiper.那Tapseq.那目标那tcgabiolinks.那tcgautils.那TCGAWorkflow那Tcseq.那tfarm.那TFBStools.那tfea.chip.那TFHAZ.那Titancna.那Tracktables.那经纪人那横向那特纳那扭转那TSCR.那Tsrchitect那TVTB.那tximeta.那txreginfra.那ularcirc.那umi4cats.那undodapplib.那奥尼润那变型滤波器那Varianttoolsdata.那漩涡那漩涡那vcfarray.那Wiggleplotr.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那yrimulti
建议我	alleteringplicingevents.hg19.那alleteringplicingevents.hg38那AnnotationHub那beadarrayusecases.那生物室那生物根系那生物相投那CAGEWorkflow那芝加哥那ComplexHeatMap.那腹带那Epivizrchart.那GenomeInfoDb那基因组那geuvadistranscriptexpr.那光明那Gsreg.那Gwastools.那HDF5Array.那互动神血那绞喉那metaseqr.那幻影那纳米管子那ringerpeaks.那omicsprint.那onassis.那帕尔布斯那recountmethylation那rnamodr.data.那RTCGA.那S4Vectors.那SEQGSEA那Sesamedata.那single.mtec.transcriptomes.那泼溅那tfutils.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	genomicranges_1.42.0.tar.gz.
Windows二进制文件	genomicranges_1.42.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	genomicranges_1.42.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomicranges.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/基因组ranges
包短网址	https://biocumon.org/packages/genomicranges/
包裹下载报告	下载统计信息