基因组法

DOI：10.18129 / b9.bioc.GenomicFeatures.

方便地导入和查询基因模型

Biocometiond版本：释放（3.12）

用于制作和操作成绩单中心注释的一组工具和方法。对于这些工具，用户可以轻松下载特定生物的转录物，外显子和Cds的基因组位置，从UCSC基因组浏览器或生物排序数据库（未来将支持更多来源）。然后将该信息存储在本地数据库中，该数据库跟踪转录物，外显子，CD和基因之间的关系。提供灵活的方法以以方便的格式提取所需功能。

作者：M. Carlson，H.Pagès，P.Boyoun，S.Falcon，M. Morgan，D. Sarkar，M. Lawrence，V. Obenchain

维护者：Bioconductor Package维护者

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PDF.	r script.	制作和利用TXDB对象
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细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.42.3
在生物导体中以来	BIOC 2.5（R-2.10）（11.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.1.0），S4Vectors.（> = 0.17.29），绞喉（> = 2.13.23），Genomeinfodb.（> = 1.25.7），Genomicranges.（> = 1.31.17），annotationdbi.（> = 1.41.4）
进口	方法，Utils，统计，工具，DBI.那rsqlite.（> = 2.0），rcurl.那xvector.（> = 0.19.7），生物仪器（> = 2.47.6），rtracklayer.（> = 1.39.7），生物雕（> = 2.17.1），BioBase.（> = 2.15.1）
链接到
建议	rmariadb.那org.mm.eg.db.那org.hs.eg.db.那bsgenome.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.（> = 1.3.17），bsgenome.celegans.ucsc.CE11那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.（> = 1.3.17），mirbase.db.那fdb.ucsc.trnas.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.celegans.ucsc.CE11.ensgene.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.（> = 2.7.1），txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.（> = 3.4.7），txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.（> = 3.4.6），snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那RSAMTOOLS.那Pasillabamsubset.（> = 0.0.5），基因管理（> = 1.15.7），Ensembldb.那运行那生物焦那kn
系统要求
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/genomicfeatures.
Bugreports.	https://github.com/biococtor/genomicfeatures/issues.
取决于我	cpvsnp.那Ensembldb.那fdb.fantom4.promoters.hg19.那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18那Fdb.infiniummethylation.hg19.那fdb.ucsc.snp135common.hg19.那fdb.ucsc.snp137common.hg19.那fdb.ucsc.trnas.那GenereGulation.那Gsreg.那吉他那Helloranges.那homo.sapiens.那IMAS.那inpas.那IVAS.那Mus.Musculus.那mygene.那Organismdbi.那探险者那Rarevariantvis.那rattus.norvegicus.那rnaprobr.那拼接照片那txdb.athalana.biomart.plantsmart22.那txdb.athalana.biomart.plantsmart25.那txdb.athalana.biomart.plantsmart28那txdb.btaurus.ucsc.bostau8.refgene.那txdb.btaurus.ucsc.bostau9.refgene.那txdb.celegans.ucsc.CE11.ensgene.那txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene.那txdb.celegans.ucsc.CE6.ensgene.那txdb.cfamiliaris.ucsc.canfam3.refgene.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene.ensgene.那txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene.那txdb.drerio.ucsc.danrer11.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal4.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal5.refgene.那txdb.ggallus.ucsc.galgal6.refgene.那txdb.hsapiens.biomart.igis.那txdb.hsapiens.ucsc.hg18.knowngene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.lincrnastranscripts.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那txdb.mmulatta.ucsc.Rhemac10.refgene.那txdb.mmulatta.ucsc.rhemac3.refgene.那txdb.mmulatta.ucsc.rhemac8.refgene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm39.refgene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm9.knowngene.那txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro4.refgene.那txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro5.refgene.那txdb.ptroglodytes.ucsc.pantro6.refgene.那txdb.rnorvegicus.biomart.igis.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn4.ensgene.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn5.refgene.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.ncbirefseq.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene.那txdb.scerevisiae.ucsc.saccer2.sgden.那txdb.scerevisiae.ucsc.saccer3.sgden.那txdb.scrofa.ucsc.susscr11.refgene.那txdb.scrofa.ucsc.susscr3.refgene.
进口我	等位基因矛纪那高寒那annotationhubdata.那annotatr.那Apalyzer.那嗯那aspediafi.那Aspli.那Bambu.那BGEECALL.那Bioconcotk.那Biovizbase.那Bumphunter.那海滩那CageFightr.那卡斯珀那Chippeakanno.那chipqc.那Chipseeker.那COMPETOOLS.那多种那共识那Crisprseekplus.那CSAW.那CSSQ.那Customprodb.那司布那decomptumor2sig那degnorm.那德内捷德那derfinderplot那dmrcatedata.那edaseq.那Eisar.那埃尔默那EPITXDB.那Epivizrdata.那epivizrestalone.那esatac.那eventPointer.那exoMepeak2.那fdb.fantom4.promoters.hg19.那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18那Fdb.infiniummethylation.hg19.那fdb.ucsc.snp135common.hg19.那fdb.ucsc.snp137common.hg19.那fdb.ucsc.trnas.那弗雷泽那Ga4ghshiny那GenBankr.那基因测定那Genelendatabase.那基因组那Genvisr.那GGBIO.那GMAPR.那Gmoviz那gqtlstats.那GVIZ.那Gwascat那希尔达那homo.sapiens.那htseqgenie.那冰茶那检查那兴趣那Karyploter.那lumi.那McSea.那比赛那METASEQR2.那甲烷分析那msgbsr.那多射线那Mus.Musculus.那Musicatk.那诺斯那orfik.那有机族那PGA.那Proactiv.那验证那profflewlactiple.那pur那QPGraph..那Quasr.那rattus.norvegicus.那RCA.那rcgh.那补偿那Rhisat2.那riboprofiling那RibosomeProfiling QC那ramodr.那scrnapeq.那颈背那SGSEQ.那拼接照片那碎片那Srnadiff.那Systempiper.那Tapseq.那tcgautils.那tfea.chip.那TrackViewer.那经纪人那txdb.athalana.biomart.plantsmart22.那txdb.athalana.biomart.plantsmart25.那txdb.hsapiens.biomart.igis.那txdb.rnorvegicus.biomart.igis.那tximeta.那ularcirc那umi4cats.那VariantAnnotation.那变型滤波器那Varianttools.那波兰人
建议我	annotationhub.那匪徒那Biomvrcns.那生物仪器那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau3.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau4.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau6.那bsgenome.btaurus.Cuc.Bostau8.那bsgenome.btaurus.ucsc.bostau9.那bsgenome.celegans.ucsc.CE10那bsgenome.celegans.ucsc.CE11那bsgenome.celegans.ucsc.CE2.那bsgenome.cfamiliaris.ucsc.canfam2.那bsgenome.cfamiliaris.ucc.canfam3那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm2.那bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm6.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer10.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer11那bsgenome.drerio.ucsc.danrer5.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer6.那bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.那bsgenome.gaculeatus.ucsc.gasacu1.那bsgenome.ggallus.ucsc.galgal3.那bsgenome.ggallus.ucsc.galgal4.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg17那bsgenome.mmulatta.ucsc.Rhemac2.那bsgenome.mmulatta.ucsc.Rhemac3.那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm8.那bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro2.那bsgenome.ptroglodytes.ucsc.pantro3那bsgenome.rnorvegicus.ucsc.rn6.那CageWorkflow.那chipseq.那Chromplot.那Crisprvariants.那腹带那施用adipochip.那Dexseq.那Genomeinfodb.那基因管理那Genomicranges.那GROHMM那HDF5Array.那绞喉那幻影那mutationalpatterns.那网页排名那甲状旁腺那叙事那rnamodr.ml.那RSAMTOOLS.那rtracklayer.那缩短那single.mtec.transcriptomes.那概括分析那tfutils.那TNT.那vplotr.那Wiggleplotr.
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源包	GenomicFeatures_1.42.3.tar.gz.
Windows二进制文件	GenomicFeatures_1.42.3.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	GenomicFeatures_1.42.3.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomicfeatures.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/基因组法
包短网址	https://biocumon.org/packages/genomicfeatures/
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