GenomicDistributions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicDistributions

生成分布在基因组中的特征摘要和图

Bioconductor版本:发行版(3.13)

如果你有一组基因组范围，这个软件包可以帮助你进行可视化和比较。它生成了几种类型的图，例如:染色体分布图，它可视化了染色体上的区域是如何分布的;特征距离分布图，它可视化了您的区域如何相对于感兴趣的特征分布，如转录起始位点(tss);基因组分区图，可以看到你的区域如何重叠给定的基因组特征，如启动子、内含子、外显子或基因间区域。它还可以方便地比较一组范围和另一组范围。

作者:Nathan C. Sheffield [aut]， Kristyna Kupkova [aut, cre]， Jose Verdezoto [aut]， Tessa Danehy [ctb]， John Lawson [ctb]， Jose Verdezoto [ctb]， Michal Stolarczyk [ctb]， Jason Smith [ctb]

维护者:Kristyna Kupkova

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicDistributions”)

超文本标记语言	R脚本	1.从基因组分布开始
超文本标记语言		2.全功率的基因组分布
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，IRanges，GenomicRanges
进口	data.table，ggplot2，reshape2，方法，utils，Biostrings
链接
建议	AnnotationFilter，rtracklayer，testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements
增强了	BSgenome，extrafont，ensembldb，GenomicFeatures
URL	http://code.databio.org/GenomicDistributions
BugReports	http://github.com/databio/GenomicDistributions
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicDistributions_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicDistributions_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicDistributions_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDistributions
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ genomicdistributors
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDistributions/
软件包下载报告	下载数据