基因组签名

doi：10.18129/b9.bioc。基因组学

短基因组比对的表示和操纵

生物导体版本：版本（3.13）

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对（通常通过将简短读数与参考基因组对齐获得）。这包括读取计数，计算覆盖范围，连接检测以及对齐的核苷酸含量。

作者：HervéPagès，Valerie Obenchain，Martin Morgan

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“基因组签名”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基因组”）

PDF	R脚本	基因组签名包的介绍
PDF	R脚本	计数读取用摘要胶带读取
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	使用对齐的核苷酸
PDF		参考手册
文本		消息
视频		从BAM文件阅读 - 第1部分
视频		从BAM文件读取 - 第2部分

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.28.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（7年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 4.0.0），方法，生物基因（> = 0.37.0），S4VECTORS（> = 0.27.12），iranges（> = 2.23.9），GenomeInfodB（> = 1.13.1），基因组机（> = 1.41.5），总结性特征（> = 1.9.13），生物弦（> = 2.55.7），rsamtools（> = 1.31.2）
进口	方法，utils，stats，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，生物比较
链接	S4VECTORS，，，，iranges
建议	Shortread，，，，rtracklayer，，，，BSGENOME，，，，GenomicFeatures，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，pasillabamsubset，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，deseq2，，，，EDGER，，，，运行，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomicalignments
BugReports	https://github.com/bioconductor/genomicalignments/issues
取决于我	等位基因平衡，，，，Alpinedata，，，，basic4cseq，，，，BasicStarrseq，，，，chipexoqual，，，，grohmm，，，，Helloranges，，，，Hireadsprocessor，，，，IGVR，，，，ORFIK，，，，Prebs，，，，补偿，，，，Ribodipa，，，，RNASEQMAP，，，，比分，，，，测序，，，，Shortread，，，，剪接图
进口我	高山，，，，Aneufinder，，，，apalyzer，，，，Aspediafi，，，，阿斯普利，，，，atacseqqc，，，，Baalchip，，，，小班夫，，，，Biovizbase，，，，Breakpointr，，，，Brgenomics，，，，Cagefightr，，，，卡格，，，，Chimeraviz，，，，Chippeakanno，，，，chipqc，，，，Chromstar，，，，CNER，，，，共识，，，，contibait，，，，copywriter，，，，CoverageView，，，，crisprvariants，，，，CSSQ，，，，CustomProdb，，，，damefinder，，，，degnorm，，，，德芬德，，，，DESCAN2，，，，差异，，，，EasyRnaseq，，，，Exomepeak2，，，，弗雷泽，，，，Funchip，，，，GCAPC，，，，Genogam，，，，基因组化，，，，Genomicfiles，，，，GGBIO，，，，GMAPR，，，，Gmoviz，，，，Greylistchip，，，，Guideseq，，，，GVIZ，，，，htseqgenie，，，，冰茶，，，，IMAS，，，，检查，，，，兴趣，，，，Leebamviews，，，，Macpet，，，，Madseq，，，，MDTS，，，，metagene，，，，metagene2，，，，metaseqr2，，，，甲基管，，，，马赛克，，，，MSGBSR，，，，NADFINDER，，，，图片，，，，plyranges，，，，婴儿车，，，，proactiv，，，，拉姆瓦斯，，，，rcade，，，，repitools，，，，肋骨蛋白，，，，RibosomeProfilingQC，，，，rnamodr，，，，rnaprobr，，，，怒吼，，，，RQC，，，，rtracklayer，，，，得分，，，，颈背，，，，seqplots，，，，seqsetvis，，，，sgseq，，，，soggi，，，，剪接图，，，，碎片，，，，Srnadiff，，，，Strandcheckr，，，，TAPSEQ，，，，tarseqqc，，，，TCSEQ，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，tsrchitect，，，，Ularcirc，，，，umi4cats，，，，vasp，，，，vplotr
建议我	Alpinedata，，，，扩增器，，，，生物比较，，，，CSAW，，，，量规，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicDataCommons，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，iranges，，，，纳米果仁糖，，，，甲状旁腺，，，，准，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，rsamtools，，，，相似，，，，流媒体，，，，Systempiper
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Genomicalignments_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	Genomicalignments_1.28.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Genomicalignments_1.28.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicalignments
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/基因组学
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomicalignments/
软件包下载报告	下载统计