基因组签名

doi:10.18129/b9.bioc。基因组学

短基因组比对的表示和操纵

生物导体版本:版本(3.13)

提供有效的容器来存储和操纵短基因组比对(通常通过将简短读数与参考基因组对齐获得)。这包括读取计数,计算覆盖范围,连接检测以及对齐的核苷酸含量。

作者:HervéPagès,Valerie Obenchain,Martin Morgan

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“基因组”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“基因组签名”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“基因组”)

PDF R脚本 基因组签名包的介绍
PDF R脚本 计数读取用摘要胶带读取
PDF R脚本 重叠编码
PDF R脚本 使用对齐的核苷酸
PDF 参考手册
文本 消息
视频 从BAM文件阅读 - 第1部分
视频 从BAM文件读取 - 第2部分

细节

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版本 1.28.0
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(7年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 4.0.0),方法,生物基因(> = 0.37.0),S4VECTORS(> = 0.27.12),iranges(> = 2.23.9),GenomeInfodB(> = 1.13.1),基因组机(> = 1.41.5),总结性特征(> = 1.9.13),生物弦(> = 2.55.7),rsamtools(> = 1.31.2)
进口 方法,utils,stats,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,基因组机,,,,生物弦,,,,rsamtools,,,,生物比较
链接 S4VECTORS,,,,iranges
建议 Shortread,,,,rtracklayer,,,,BSGENOME,,,,GenomicFeatures,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,pasillabamsubset,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene,,,,bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,deseq2,,,,EDGER,,,,运行,,,,生物使用
系统要求
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/genomicalignments
BugReports https://github.com/bioconductor/genomicalignments/issues
取决于我 等位基因平衡,,,,Alpinedata,,,,basic4cseq,,,,BasicStarrseq,,,,chipexoqual,,,,grohmm,,,,Helloranges,,,,Hireadsprocessor,,,,IGVR,,,,ORFIK,,,,Prebs,,,,补偿,,,,Ribodipa,,,,RNASEQMAP,,,,比分,,,,测序,,,,Shortread,,,,剪接图
进口我 高山,,,,Aneufinder,,,,apalyzer,,,,Aspediafi,,,,阿斯普利,,,,atacseqqc,,,,Baalchip,,,,小班夫,,,,Biovizbase,,,,Breakpointr,,,,Brgenomics,,,,Cagefightr,,,,卡格,,,,Chimeraviz,,,,Chippeakanno,,,,chipqc,,,,Chromstar,,,,CNER,,,,共识,,,,contibait,,,,copywriter,,,,CoverageView,,,,crisprvariants,,,,CSSQ,,,,CustomProdb,,,,damefinder,,,,degnorm,,,,德芬德,,,,DESCAN2,,,,差异,,,,EasyRnaseq,,,,Exomepeak2,,,,弗雷泽,,,,Funchip,,,,GCAPC,,,,Genogam,,,,基因组化,,,,Genomicfiles,,,,GGBIO,,,,GMAPR,,,,Gmoviz,,,,Greylistchip,,,,Guideseq,,,,GVIZ,,,,htseqgenie,,,,冰茶,,,,IMAS,,,,检查,,,,兴趣,,,,Leebamviews,,,,Macpet,,,,Madseq,,,,MDTS,,,,metagene,,,,metagene2,,,,metaseqr2,,,,甲基管,,,,马赛克,,,,MSGBSR,,,,NADFINDER,,,,图片,,,,plyranges,,,,婴儿车,,,,proactiv,,,,拉姆瓦斯,,,,rcade,,,,repitools,,,,肋骨蛋白,,,,RibosomeProfilingQC,,,,rnamodr,,,,rnaprobr,,,,怒吼,,,,RQC,,,,rtracklayer,,,,得分,,,,颈背,,,,seqplots,,,,seqsetvis,,,,sgseq,,,,soggi,,,,剪接图,,,,碎片,,,,Srnadiff,,,,Strandcheckr,,,,TAPSEQ,,,,tarseqqc,,,,TCSEQ,,,,TrackViewer,,,,transcriptr,,,,tsrchitect,,,,Ularcirc,,,,umi4cats,,,,vasp,,,,vplotr
建议我 Alpinedata,,,,扩增器,,,,生物比较,,,,CSAW,,,,量规,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicDataCommons,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,iranges,,,,纳米果仁糖,,,,甲状旁腺,,,,,,,,rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14,,,,rsamtools,,,,相似,,,,流媒体,,,,Systempiper
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Genomicalignments_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 Genomicalignments_1.28.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) Genomicalignments_1.28.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomicalignments
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/基因组学
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/genomicalignments/
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