Genomeinfodb.

DOI：10.18129 / b9.bioc.genomeinfodb.

用于操纵染色体名称的实用程序，包括修改它们以遵循特定的命名样式

Bioconductor版本：释放（3.13）

包含数据和函数，用于定义和允许在不同染色体序列命名约定之间的转换（例如，“CHR1”与“1”）之间的转换，包括尝试在他们的自然而不是词典，而不是词典，订单中排放序列名称的函数。

作者：Sonali Arora，Martin Morgan，Marc Carlson，H.Pagès

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“genomeinfodb”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“Genomeinfodb”）

PDF.	r script.	Genomeinfodb：Genomeinfodb的简介
PDF.	r script.	Genomeinfodb：将您的生物提交给Genomeinfodb
PDF.		参考手册
文本		消息
视频		简单的任务Genomeinfodb.

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	1.28.0.
在生物导体中以来	BIOC 2.14（R-3.1）（7年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0.0），方法，生物根系（> = 0.37.0），S4Vectors.（> = 0.25.12），绞喉（> = 2.13.12）
进口	统计数据，stats4，utils，rcurl.那genomeinfodbdata.
链接到
建议	Genomicranges.那RSAMTOOLS.那基因管理那基因组法那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene.ensgene.那bsgenome.那bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer2.那bsgenome.celegans.ucsc.CE2.那bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38.那运行那生物焦那kn
系统要求
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/genomeinfodb.
Bugreports.	https://github.com/biocumons/genomeinfodb/issues.
取决于我	生物仪器那Brgenomics.那bsgenome.那Bumphunter.那浮雕那法典那CSAR.那EQTL.那基因管理那基因组法那Genomicranges.那基因组那GMAPR.那GROHMM那Helloranges.那德国兹那甲烷分析那RSAMTOOLS.那范围那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那VariantAnnotation.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.
进口我	等位基因矛纪那高寒那扩增人那Anufinder.那annotationhubdata.那annotatr.那aspediafi.那Atacseqqc.那baalchip.那舞会礼服那Bambu.那Basicstarrseq.那Biovizbase.那Biscuiteer.那Biseq.那BNBC.那Branchpointer.那断点那bsgenome.那BSSeq.那海滩那CageFightr.那蛋糕那卡斯珀那cbioportaldata.那Cexor.那Chimeraviz.那ChipanAlyser.那Chipenrich.那chipenrich.data.那chipexoqual.那Chippeakanno.那Chipseeker.那铬星座那Chromvar.那Cindex.那Circrnaprofiler.那Cleanupdtseq.那cn.mops.那克那cnvfilter.那CNVPanelizer那cnvranger.那COMPETOOLS.那共识那骗子那CopyNumberplots.那撰稿人那Crisprvariants.那CSAW.那Customprodb.那DAMEFINDER.那司布那decomptumor2sig那德布勒那德内捷德那derfinderplot那descan2.那德沃瑟那Diffhic.那差异那差异那dmrcate.那DMRSCAN.那DMRSEQ.那多米诺骨牌效应那easyrnaseq.那埃尔默那eNCODEXPLORER.那enrichtf.那Ensembldb.那Ensemblvep.那epialler那Epigenomix.那epigrahmm.那EPITXDB.那Epivizr.那Epivizrdata.那epivizrestalone.那erma.那esatac.那eventPointer.那exoMecopy.那exoMepeak2.那fitcons.ucsc.hg19.那弗雷泽那Funchip.那Funtoonorm.那Ga4ghclient.那Ga4ghshiny那GCAPC.那GenBankr.那基因测定那genogam.那基因组那GenomeIntervals.那GenomicDistributionsData.那基因组夫妇那基因组互动那基因组唑.那基因组织那基因组那Genoset.那GenotyPeeval.那Genvisr.那GGBIO.那Gmoviz那哥特那Grasp2DB.那格雷比亚斯核糖那GUIDESEQ.那GVIZ.那Gwascat那H5VC那暖步那Hicbricks.那hicdcplus.那hit那htseqgenie.那IDR2D.那IMAS.那inpas.那检查那互动那IsoformSwitchAnalyzer.那IVAS.那Karyploter.那ldblock.那宏伟那Madseq.那mafdb.1kgenomes.phase1.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5.那mafdb.1kgenomes.phase3.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.grch38.那mafdb.exac.r1.0.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5.那mafdb.gnomad.r2.1.grch38.那mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5.那mafdb.gnomad.r3.0.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5.那mafdb.topmed.freeze5.hg19.那mafdb.topmed.freeze5.hg38.那mafh5.gnomad.r3.0.grch38.那mafh5.gnomad.v3.1.1.grch38.那蒙越者那比赛那Metagene2.那METASEQR2.那梅拉维兹尔那Methcp.那meth那MethiLheritsim.那Methylkit.那甲基皮脂那methylseqdata.那甲基氏那弥撒那Minfi.那最小值那mmapp2.那马赛克那MotifBreakr.那motifmatchr.那Mousefm.那msgbsr.那多射线那多种审核那Musicatk.那mutationalpatterns.那myvariant.那Nadfinder.那邻近那netdx.那诺考那核核酸那omicspca.那orfik.那有机族那Panelcn.mops.那季节性ddna.那Phastcons100way.ucsc.hg19.那phastcons100way.ucsc.hg38那Phastcons7way.ucsc.hg38.那PI.那pipeframe.那普利兰语那Podkat.那摇篮那预先那Proactiv.那profflewlactiple.那ProteomicsannotationHubData.那pur那QPGraph..那QSEA.那Quasr.那R3CPET.那r3cseq.那raggedexperiment.那Rarevariantvis.那rcade.那RCA.那rcgh.那rcistarget.那叙事那补偿那林那RegionReport.那重新那repitools.那riboprofiling那Riboseqr.那RibosomeProfiling QC那rjmcmcncnucosomes.那rnaeditr.那ramodr.那怒吼那rtcgatoolbox.那rtracklayer.那抚慰那颈背那Semmentseq.那SEQARRAY.那SEQCAT.那seqplots.那seqsetvis.那塞塞伦那SGSEQ.那缩短那签收那Sigspack.那singlemoleculefootprinting.那Sitadela.那斯文那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38.那Soggi.那Somaticsignatures.那Sparsesignatures.那拼接照片那碎片那Srnadiff.那斯坦那Strandcheckr.那概括分析那Tapseq.那tarseqqc.那tcgautils.那tcgaworkflow.那TFBStools.那Titancna.那TNT.那TrackViewer.那经纪人那Trnascanimport.那Tsrchitect那TVTB.那tximeta.那ularcirc那umi4cats.那香草那变型滤波器那Varianttools.那漩涡那vplotr.那Wiggleplotr.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那耶稣
建议我	annotationforge.那annotationhub.那Bioconcotk.那ChromSchitch.那实验室那Megadepth.那methrix.那mungesumstats.那帕尔布斯那QDNASEQ.那泼溅那StrafturalVariantAnnotation.那tfutils.
链接给我
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包档案包

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源包	genomeinfodb_1.28.0.tar.gz.
Windows二进制文件	genomeinfodb_1.28.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	genomeinfodb_1.28.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genomeinfodb.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ genomeinfodb
包短网址	https://biocondudard.org/packages/genomeinfodb/
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