GenProSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenProSeq

生成蛋白质序列与深度生成模型

Bioconductor版本:版本(3.17)

生成建模对蛋白质工程是解决根本问题的关键在合成生物学,医学和材料科学。机器学习使我们产生有用的蛋白质序列在不同的尺度。生成模型是机器学习方法,寻求模型的分布数据,允许小说的生成样本具有相似属性模型的训练。生成模型的蛋白质可以学习生物学意义表征有利于各种下游任务。此外,他们可以学会生成蛋白质序列没有观察到之前和分配更高的概率蛋白质序列满足期望的标准。在这个包中,常见的蛋白质序列的生成模型,如变分autoencoder (VAE),生成对抗网络(GAN)和自回归模型是可用的。在Word2vec VAE甘,用于嵌入。变压器编码器应用于蛋白质序列的自回归模型。

作者:Dongmin荣格(cre, aut)

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenProSeq”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras, mclust R (> = 4.2)
进口	tensorflow word2vec,DeepPINCS,ttgseaCatEncoders网状,统计数据
链接
建议	knitr、testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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包档案

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源包	GenProSeq_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	GenProSeq_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GenProSeq_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GenProSeq_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenProSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenProSeq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GenProSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenProSeq/
包下载报告	下载数据