GWENA

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWENA

用于增强共表达式分析的管道

Bioconductor版本:发行版(3.16)

高通量测序的发展导致共表达分析的使用增加，以超越单一特征(即基因)的焦点。我们提出GWENA(基因整体共表达网络分析)，这是一种用于执行基因共表达网络分析并在单一管道中探索结果的工具。包括共表达基因模块的功能丰富、表型关联、拓扑分析和不同条件间网络结构的比较。

作者:Gwenaëlle Lemoine [aut, cre]，玛丽-皮尔·斯科特-博耶[ths]，阿诺德·德罗伊特[芬兰人]

维护者:Gwenaëlle Lemoine < Lemoine。Gwenaelle在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" gwen ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GWENA”)

超文本标记语言	R脚本	GWENA-vignette
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版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	WGCNA(> = 1.67),dplyr(> = 0.8.3),dynamicTreeCut(> = 1.63 1),ggplot2(> = 3.1.1),gprofiler2(> = 0.1.6),magrittr(> = 1.5),宠物猫(> = 2.1.1),tidyr(> = 1.0.0),NetRep(> = 1.2.1),igraph(> = 1.2.4.1),RColorBrewer(> = 1.1 2),purrr(> = 0.3.3),rlist(> = 0.4.6.1),matrixStats(> = 0.55.0),SummarizedExperiment(> = 1.14.1),stringr(> = 1.4.0),集群(>= 2.1.0)， grDevices(>= 4.0.4)，方法，图形，统计，utils
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr(> = 1.25),rmarkdown(> = 1.16),prettydoc(> = 0.3.0),httr(> = 1.4.1),S4Vectors(> = 0.22.1),BiocStyle(> = 2.15.8)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Kumquatum/GWENA/issues
全靠我
进口我
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链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GWENA_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	GWENA_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GWENA_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GWENA_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWENA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GWENA
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GWENA/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GWENA/
软件包下载报告	下载数据