GSVA
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doi：10.18129/b9.bioc.gsva
微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析
生物导体版本：版本（3.13）
基因集变异分析（GSVA）是一种非参数，无监督的方法，用于通过表达数据集的样品估计基因集富集的变化。GSVA对坐标系进行了更改，将数据从样品矩阵通过样品矩阵转换为基因集，从而允许评估每个样品的途径富集。GSVA富集的新矩阵得分有助于采用标准分析方法，例如功能富集，生存分析，聚类，CNV-Pathway分析或以途径为中心的方式进行跨组织分析。
作者：Justin Guinney [Aut，Cre]，Robert Castelo [AUT]，Alexey Sergushichev [CTB]，Pablo Sebastian Rodriguez [CTB]
维护者：贾斯汀·吉尼（Justin Guinney）
引用（从r内，输入引用（“ GSVA”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gsva”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ GSVA”）
| html | R脚本 | 基因集变异分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.40.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.8（R-2.13）（10年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | R（> = 3.5.0） |
| 进口 | 方法，统计，utils，图形，S4VECTORS，，，，iranges，，，，生物酶，，，，总结性特征，，，，gseabase，，，，矩阵， 平行，生物比较，，，，Singlecellexperiment，，，，Sparsematrixstats，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，HDF5Array，，，，生物兴奋 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物基因，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，林玛，，，，rcolorbrewer，，，，org.hs.eg.db，，，，GeneFilter，，，，EDGER，，，，GSVADATA，，，，闪亮的，，，，发光的dashboard，，，，GGPLOT2，，，，Data.Table，，，，情节，，，，未来，，，，承诺，，，，Shinybusy，，，，Shinyjs |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/rcastelo/gsva |
| BugReports | https://github.com/rcastelo/gsva/issues |
| 取决于我 | Sispa |
| 进口我 | 共识，，，，去耦，，，，Egsea，，，，逃脱，，，，OPPAR，，，，Singlecelltk，，，，tbsignatureprofiler，，，，tnbc.cms |
| 建议我 | McBiclust |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | gsva_1.40.1.tar.gz |
| Windows二进制 | gsva_1.40.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | GSVA_1.40.1.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gsva |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/gsva |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gsva/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.13的旧源软件包 | 来源存档 |
