gseabase

doi:10.18129/b9.bioc.gseabase

基因集富集数据结构和方法

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:马丁·摩根(Martin Morgan),塞思·法尔康(Seth Falcon)

维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

引用(从r内,输入引用(“ gseabase”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ GSEABase”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ gseabase”)

PDF R脚本 GSEABase简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.58.0
在生物导体中 Bioc 2.1(R-2.6)(14。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.6.0),生物基因(> = 0.13.8),生物酶(> = 2.17.8),注释(> = 1.45.3),方法,图形(> = 1.37.2)
进口 AnnotationDbi,,,,XML
链接
建议 HGU95AV2.DB,,,,go.db,,,,org.hs.eg.db,,,,rgraphviz,,,,报告工具,,,,测试,,,,生物使用,,,,尼特
系统要求
增强
URL
取决于我 Agdex,,,,Bicare,,,,ccpromise,,,,CEPO,,,,CPVSNP,,,,GSVADATA,,,,NPGSEA,,,,承诺,,,,碎片,,,,Tissueenrich
进口我 Aucell,,,,生物剂,,,,癌症,,,,类别,,,,类别Compare,,,,CellHTS2,,,,Cosmosr,,,,富集兄弟,,,,逃脱,,,,gep2pep,,,,GISPA,,,,Globalancova,,,,GMICR,,,,GSRI,,,,GSVA,,,,Migsa,,,,mirsm,,,,莫格萨,,,,MSIGDB,,,,OPPAR,,,,Panomir,,,,,,,,承诺,,,,rcistarget,,,,报告工具,,,,sctgif,,,,SignaturesEarch,,,,Singlecelltk,,,,唱歌,,,,singscoreamlmutations,,,,激流回旋,,,,麻雀,,,,tfutils,,,,Visse
建议我 生物群,,,,量规,,,,全球测试,,,,gostats,,,,GSAR,,,,gsealm,,,,桅杆,,,,
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gseabase_1.58.0.tar.gz
Windows二进制 gseabase_1.58.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) gseabase_1.58.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gseabase
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gseabase
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/gseabase/
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