哥特
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC
Hi-C数据分析的二项式检验
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这是一个Hi-C分析包，使用累积二项式检验来检测远端基因组位点之间的相互作用，这些位点在Hi-C实验中具有明显多于预期的偶然读数。它将已映射的配对NGS读取作为输入，并返回基因组中给定bin大小的重要相互作用列表。
作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar
维护者:Borbala Mifsud
引文(从R内，输入引用(“哥特”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“哥特”)
| R脚本 | package_vignettes.pdf | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.34.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(9年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R(>= 3.5.0)，方法，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，data.table |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.38),IRanges，Rsamtools，ShortRead，rtracklayer，ggplot2，BiocManager， grDevices, utils, stats，GenomeInfoDb |
| 链接 | |
| 建议 | HiCDataLymphoblast |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | 平行 |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | GOTHiC_1.34.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GOTHiC_1.34.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | GOTHiC_1.34.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | GOTHiC_1.34.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GOTHiC |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/GOTHiC/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GOTHiC/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
