哥特

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC

Hi-C数据分析的二项式检验

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这是一个Hi-C分析包,使用累积二项式检验来检测远端基因组位点之间的相互作用,这些位点在Hi-C实验中具有明显多于预期的偶然读数。它将已映射的配对NGS读取作为输入,并返回基因组中给定bin大小的重要相互作用列表。

作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar

维护者:Borbala Mifsud

引文(从R内,输入引用(“哥特”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“哥特”)

PDF R脚本 package_vignettes.pdf
PDF 参考手册

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 3.5.0),方法,GenomicRangesBiostringsBSgenomedata.table
进口 BiocGenericsS4Vectors(> = 0.9.38),IRangesRsamtoolsShortReadrtracklayerggplot2BiocManager, grDevices, utils, stats,GenomeInfoDb
链接
建议 HiCDataLymphoblast
SystemRequirements
增强了 平行
URL
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GOTHiC_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 GOTHiC_1.34.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) GOTHiC_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) GOTHiC_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GOTHiC
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GOTHiC/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GOTHiC/
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