Gosemsim

doi:10.18129/b9.bioc.gosemsim

Go-Terms语义相似性度量

生物导体版本:版本(3.15)

基因本体论(GO)注释的语义比较提供了计算基因和基因组之间相似性的定量方法,并已成为许多生物信息学分析方法的重要基础。Gosemsim是用于语义相似性计算,GO术语,GO术语,基因产品和基因簇之间的R套件。Gosemsim分别实施了Resnik,Schlicker,Jiang,Lin和Wang提出的五种方法。

作者:广琴Yu [AUT,CRE],Alexey Stukalov [CTB],Pingfan Guo [CTB],Chuanle Xiao [CTB],LluísRevillaSancho [CTB]

维护者:gmail.com> guangchuang yu

引用(从r内,输入引用(“ Gosemsim”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Gosemsim”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Gosemsim”)

html R脚本 Gosemsim
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文本 消息

细节

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版本 2.22.0
在生物导体中 Bioc 2.4(R-2.9)(13年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5.0)
进口 AnnotationDbi,,,,go.db,方法,utils
链接 RCPP
建议 AnnotationHub,,,,生物管理器,,,,clusterProfiler,,,,剂量,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,org.hs.eg.db,,,,Prettydoc,,,,测试,,,,rocr
系统要求
增强
URL https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports https://github.com/yulab-smu/gosemsim/issues
取决于我 翻译
进口我 clusterProfiler,,,,剂量,,,,富集,,,,Gapgom,,,,网眼,,,,rcpi,,,,rrvgo,,,,简化,,,,Viseago
建议我 生物剂,,,,Epinem,,,,小伙子,,,,精灵
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gosemsim_2.22.0.tar.gz
Windows二进制 gosemsim_2.22.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) gosemsim_2.22.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gosemsim
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gosemsim
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/gosemsim/
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