GEOfastq

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOfastq

下载ENA Fastqs GEO登记入册

Bioconductor版本:版本(3.16)

GEOfastq用于下载fastq文件从欧洲核苷酸存档(ENA)从一个从基因表达综合(GEO)加入。要做到这一点,样品从地理元数据检索和阅读顺序归档(SRA)。SRA运行到达然后用于构造FTP和粗ENA生成fastq文件的下载链接。

作者:亚历克斯·皮克林(cre, aut)

维护人员:亚历克斯·皮克林< alexvpickering gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GEOfastq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GEOfastq”)

HTML	R脚本	使用GEOfastq包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	xml2,房车,stringr,RCurl,doParallel,foreach,plyr
链接
建议	BiocCheck,roxygen2,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/alexvpickering/GEOfastq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GEOfastq_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	GEOfastq_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GEOfastq_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GEOfastq_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOfastq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOfastq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GEOfastq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOfastq/
包下载报告	下载数据