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FlowSOM
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DOI:10.18129 / B9.bioc.FlowSOM
使用自组织映射为可视化和血细胞计数数据的解释
Bioconductor版本:版本(3.15)
FlowSOM提供了可视化选项对于血细胞计数数据,利用自组织映射聚类和最小生成树。
作者:苏菲Van Gassen (aut (cre) Artuur Couckuyt (aut) Katrien Quintelier (aut) Annelies Emmaneel (aut),布瑞特Callebaut (aut) Yvan Saeys (aut)
维修工:苏菲Van Gassen <苏菲。在ugent.be vangassen >
从内部引用(R,回车引用(“FlowSOM”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FlowSOM”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“FlowSOM”)
| R脚本 | FlowSOM | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 测试盒框 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 4.0),igraph |
| 进口 | 属性,跑龙套,BiocGenerics,colorRamps,ConsensusClusterPlus,CytoML,dplyr,flowCore,flowWorkspace,ggforce,ggnewscale,ggplot2,ggpointdensity,ggpubr,ggrepelgrDevices,magrittr、方法、pheatmap,RColorBrewer,rlang,Rtsne,tidyr,XML,scattermore |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://www.r-project.orghttp://dambi.ugent.be |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 催化剂,CytoTree,diffcyt,MetaCyto |
| 建议我 | HDCytoData |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | FlowSOM_2.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | FlowSOM_2.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSOM |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FlowSOM |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FlowSOM/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
