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FilterFFPE
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DOI:10.18129 / B9.bioc.FilterFFPE
用于NGS数据的FFPE人工嵌合读滤波器
Bioconductor版本:Release (3.15)
该软件包发现并过滤在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织的下一代测序(NGS)过程中特别生成的人工嵌合reads。这些人工嵌合读取会导致大量的假阳性结构变异(SV)调用。所需的输入是一个FFPE示例的索引BAM文件。
作者:魏兰英[aut, cre]
维护者:卫兰英<兰英。Wei在uni-muenster.de>
引文(从R内，输入引用(“FilterFFPE”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“FilterFFPE”)
| R脚本 | FilterFFPE简介 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年) |
| 许可证 | LGPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | foreach，doParallel，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools平行,S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | FilterFFPE_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | FilterFFPE_1.6.0.zip(64位) |
| macOS 10.13 (High Sierra) | FilterFFPE_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FilterFFPE |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FilterFFPE |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FilterFFPE/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
