弗雷泽

doi:10.18129/b9.bioc.fraser

在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件

生物导体版本:版本(3.15)

在转录组轮廓中检测罕见异常剪接事件。读数比率期望由自动编码器建模,以控制数据中的混杂因素。鉴于这些期望,假定比率遵循β-二元分布,并具有特定于连接的分散体。然后将异常值确定为读取比率,与此分布显着偏离。弗雷泽(Fraser)能够检测替代剪接,但也能够检测内含子保留。该软件包旨在支持执行RNA-Seq的罕见疾病领域的诊断,以识别异常的剪接缺陷。

作者:Christian Mertes [AUT,CRE],Ines Scheller [AUT],Vicente Yepez [CTB],Julien Gagneur [aut]

维护者:Christian Mertes

引用(从r内,输入引用(“弗雷泽”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Fraser”)

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文档

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PDF R脚本 弗雷泽(Fraser):在RNA-seq数据中找到罕见的剪接
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细节

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版本 1.8.1
在生物导体中 Bioc 3.11(R-4.0)(2年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 生物比较,,,,Data.Table,,,,rsamtools,,,,总结性特征
进口 AnnotationDbi,,,,bbmisc,,,,生物酶,,,,生物基因,,,,Biomart,,,,BSGENOME,,,,牛仔图,,,,延迟(> = 0.5.11),延迟的matrixstats,,,,渡轮,,,,仿制药,,,,GenomeInfodB,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,iranges,grdevices,GGPLOT2,,,,Ggrepel,,,,HDF5Array,,,,矩阵, 方法,校长,,,,pcamethods,,,,pheatmap,,,,情节,,,,prroc,,,,rcolorbrewer,,,,RHDF5,,,,rsubread,,,,r.utils,,,,S4VECTORS,统计蒂布尔,工具,utils,VGAM
链接 RCPP,,,,rcpparmadillo
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,COVR,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL https://github.com/gagneurlab/fraser
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包 fraser_1.8.1.tar.gz
Windows二进制 fraser_1.8.1.zip
MacOS 10.13(高山脉) fraser_1.8.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fraser
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/fraser
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/fraser/
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