弗雷泽

doi：10.18129/b9.bioc.fraser

在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件

生物导体版本：版本（3.15）

在转录组轮廓中检测罕见异常剪接事件。读数比率期望由自动编码器建模，以控制数据中的混杂因素。鉴于这些期望，假定比率遵循β-二元分布，并具有特定于连接的分散体。然后将异常值确定为读取比率，与此分布显着偏离。弗雷泽（Fraser）能够检测替代剪接，但也能够检测内含子保留。该软件包旨在支持执行RNA-Seq的罕见疾病领域的诊断，以识别异常的剪接缺陷。

作者：Christian Mertes [AUT，CRE]，Ines Scheller [AUT]，Vicente Yepez [CTB]，Julien Gagneur [aut]

维护者：Christian Mertes

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Fraser”）

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文档

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PDF	R脚本	弗雷泽（Fraser）：在RNA-seq数据中找到罕见的剪接
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.8.1
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	生物比较，，，，Data.Table，，，，rsamtools，，，，总结性特征
进口	AnnotationDbi，，，，bbmisc，，，，生物酶，，，，生物基因，，，，Biomart，，，，BSGENOME，，，，牛仔图，，，，延迟（> = 0.5.11），延迟的matrixstats，，，，渡轮，，，，仿制药，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，iranges，grdevices，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，HDF5Array，，，，矩阵， 方法，校长，，，，pcamethods，，，，pheatmap，，，，情节，，，，prroc，，，，rcolorbrewer，，，，RHDF5，，，，rsubread，，，，r.utils，，，，S4VECTORS，统计蒂布尔，工具，utils，VGAM
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，COVR，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db
系统要求
增强
URL	https://github.com/gagneurlab/fraser
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

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源包	fraser_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	fraser_1.8.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	fraser_1.8.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fraser
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/fraser
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/fraser/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档