ExpressionAtlas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpressionAtlas

阿特拉斯从EMBL-EBI下载数据集表达式

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包是为寻找数据集在EMBL-EBI表达图谱,并下载到R进行进一步分析。每个表达式图谱数据集表示为SimpleList对象每个平台的一个元素。测序数据中包含一个SummarizedExperiment对象,而微阵列数据都包含在一个ExpressionSet或MAList对象。

作者:玛丽亚keay (aut)佩德罗,情歌(cre)

维护人员:佩德罗情歌< pmadrigal在ebi.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“ExpressionAtlas”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ExpressionAtlas”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ExpressionAtlas”)

HTML R脚本 ExpressionAtlas
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本 1.26.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R(> = 4.2.0)、方法Biobase,SummarizedExperiment,limma,S4Vectors,xml2,RCurl,jsonlite,BiocStyle
进口 跑龙套,XML,httr
链接
建议 knitr,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我 spatialHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ExpressionAtlas_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 ExpressionAtlas_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64) ExpressionAtlas_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64) ExpressionAtlas_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpressionAtlas
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExpressionAtlas
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ExpressionAtlas/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ExpressionAtlas/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网