DEBLUSTER
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doi：10.18129/b9.bioc.excluster
Dexputer可靠地检测到RNA-Seq数据的两个条件之间的差异表达的外显子，每个条件至少需要两个独立的生物学重复
生物导体版本：版本（3.13）
Dextuster将ENSEMBL和GENCODE GTF文件扁平化为GFF文件，这些文件用于计算BAM文件中每个非重叠外显子箱的读取。此读取计数是使用包RSubread的函数fartialecounts完成的。在所有生物学重复的情况下，库大小都归一化，然后Deboruster比较了两个不同的条件，以检测明显的差异基因。这个过程需要至少两个独立的生物学补救，而Deboruster一次仅接受两个条件。Dextuster最终会产生每个基因的错误发现率（FDR），用于检测显着性。外显子log2折叠变化（log2FC）均值和方差可以为每个显着差异的基因绘制，这有助于科学家发展假设并靶向湿法实验室中RT-QPCR验证的差异剪接事件。
作者：R。MatthewTanner，William L. Stanford和Theodore J. Perkins
维护者：R。Matthew Tanner
引用（从r内，输入引用（“ dextuster”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dercorduster”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ dercorduster”）
| R脚本 | DERSTUSTER VIGNETTE | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | rsubread，，，，基因组机，，，，rtracklayer，，，，矩阵，，，，iranges |
| 进口 | 统计，方法，grdevices，图形，utils |
| 链接 | |
| 建议 | |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
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| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dextuster_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| MacOS 10.13（高山脉） | dextuster_1.10.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/excluster |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：套餐/dercorter |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/excluster/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
