EventPointer

DOI:10.18129 / B9.bioc.EventPointer

利用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件

Bioconductor版本:发行版(3.15)

EventPointer是一个R包，用于识别涉及简单(病例对照实验)或复杂实验设计(如时间过程实验和包括配对样本的研究)的可选拼接事件。该算法可用于分析连接阵列(Affymetrix阵列)或测序数据(RNA-Seq)的数据。软件返回一个包含检测到的备选剪接事件的数据框架:基因名称，事件类型(卡带，备选3’，…等)，基因组位置，统计显著性和所有事件的剪接百分比(Delta PSI)的增量。该算法可以生成一系列文件来可视化IGV中检测到的备选拼接事件。这简化了结果的解释和标准PCR验证引物的设计。

作者:Juan Pablo Romero [aut]， Juan A. Ferrer-Bonsoms [aut, cre]， Pablo Sacristan [aut]， Ander Muniategui [aut]， Fernando Carazo [aut]， Ander Aramburu [aut]， Angel Rubio [aut]

维护者:Juan A. Ferrer-Bonsoms

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("EventPointer")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“EventPointer”)

超文本标记语言	R脚本	EventPointer
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	3.4.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SGSeq，矩阵，SummarizedExperiment
进口	GenomicFeatures，stringr，GenomeInfoDb，igraph，质量，nnls，limma，matrixStats，RBGL，prodlim，图，方法，utils，统计，doParallel，foreach，affxparser，GenomicRanges，S4Vectors，IRanges，qvalue，玉米穗轴，rhdf5，BSgenome，Biostrings，glmnet，abind，迭代器，lpSolve，poibin，speedglm，tximport，fgsea
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，RUnit，BiocGenerics，dplyr，kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	EventPointer_3.4.1.tar.gz
Windows二进制	EventPointer_3.4.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	EventPointer_3.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EventPointer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EventPointer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EventPointer/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档