EpiDISH

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiDISH

样本内异质性的表观遗传学解剖

Bioconductor版本:发行版(3.16)

EpiDISH是一个R包,用于推断样本中存在的先验已知细胞类型的比例,表示这些细胞类型的混合物。目前,该软件包可用于全血、一般上皮组织和乳腺组织的DNAm数据。此外,该软件包还提供了一种功能,可以在表观基因组关联研究中识别不同甲基化的细胞类型及其变化方向。

作者:Andrew E. Teschendorff [aut],郑世杰[aut, cre]

维护人员:Shijie C. Zheng

引文(从R内,输入引用(“EpiDISH”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“EpiDISH”)

超文本标记语言 R脚本 样本内异质性的表观遗传学解剖
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 2.14.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.1)
进口 质量e1071quadprog,平行,统计,matrixStatsstringrlocfdr矩阵
链接
建议 roxygen2GEOqueryBiocStyleknitrrmarkdownBiobasetestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/sjczheng/EpiDISH
BugReports https://github.com/sjczheng/EpiDISH/issues
全靠我 烤面包
进口我
建议我 FlowSorted.Blood.EPIC地球
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 EpiDISH_2.14.1.tar.gz
Windows二进制 EpiDISH_2.14.1.zip
macOS二进制文件(x86_64) EpiDISH_2.14.1.tgz
macOS二进制文件(arm64) EpiDISH_2.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiDISH
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EpiDISH
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/EpiDISH/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/EpiDISH/
软件包下载报告 下载数据
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网