ewce

doi:10.18129/b9.bioc.ewce

此包装适用于生物导体的3.15版。该软件包已从生物导体中删除。有关最后一个稳定的最新版本版本,请参阅ewce

表达加权的细胞型富集

生物导体版本:版本(3.15)

用于确定哪些细胞类型在基因列表中富集。该软件包提供了在简单基因列表(例如与人类疾病相关的基因)中测试富集的工具以及由差异表达研究产生的工具。该软件包不取决于任何特定的单元转录组数据集,并且可以将用户定义的数据集加载到分析中。

作者:艾伦·墨菲(Alan Murphy)[CRE],Brian Schilder [AUT],内森·斯凯恩[aut]

维护者:Alan Murphy

引用(从r内,输入引用(“ ewce”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ ewce”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ewce”)

html R脚本 扩展示例
html R脚本 入门
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(6年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 4.1),rnomni(> = 1.0)
进口 统计,utils,方法,ewcedata,,,,dplyr,,,,GGPLOT2,,,,RESHAPE2,,,,林玛,,,,Stringr,,,,Hgnchelper,,,,矩阵, 平行,Singlecellexperiment,,,,总结性特征,,,,延迟,,,,生物比较,,,,正差(> = 0.99.8),Data.Table
链接
建议 远程,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,测试(> = 3.0.0),readxl,,,,备忘录,,,,降价,,,,sctransform,,,,deseq2,,,,桅杆,,,,延迟的matrixstats,,,,牛仔图,,,,ggdendro,grdevices,网格,栅格,,,,,,,,魔术,,,,
系统要求
增强
URL https://github.com/nathanskene/ewce
BugReports https://github.com/nathanskene/ewce/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ewce_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 ewce_1.4.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) ewce_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ewce
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ewce
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ewce/
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