DifferentialRegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.DifferentialRegulation

从scRNA-seq数据不同调控基因

Bioconductor版本:版本(3.17)

DifferentialRegulation方法检测两组之间的差异调节基因样本(例如,健康与疾病,或治疗比未经处理的样品),针对不同的拼接和unspliced mRNA丰度的平衡,获得从单细胞RNA-sequencing (scRNA-seq)数据。从数学的角度来看,DifferentialRegulation占样本变异性,在贝叶斯层次模型和嵌入多个样本。此外,我们的方法也处理的两个主要来源映射不确定性:我)“模棱两可”读,兼容拼接和unspliced版本的基因,和2)读取映射到多个基因。特别是,模棱两可的读取分开对待拼接和unsplced读取,读取,兼容多种基因分配的基因来源。参数推断通过马尔可夫链蒙特卡罗(密度)技术(Metropolis-within-Gibbs)。

作者:西蒙Tiberi (aut (cre),夏洛特Soneson (aut)

维护人员:西蒙Tiberi <西蒙。在unibo.it tiberi >

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版本	1.4.2
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	安装R (> = 4.3.0)
进口	方法、Rcpp doRNG、质量、数据。表、doParallel并行foreach,统计数据,强盗矩阵,SingleCellExperiment,SummarizedExperimentggplot2,tximport
链接	Rcpp, RcppArmadillo
建议	knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation
BugReports	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation/issues
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包档案

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源包	DifferentialRegulation_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	DifferentialRegulation_1.4.2.zip
macOS二进制(x86_64)	DifferentialRegulation_1.4.2.tgz
macOS二进制(arm64)	DifferentialRegulation_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DifferentialRegulation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DifferentialRegulation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DifferentialRegulation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DifferentialRegulation/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档