DaMiRseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DaMiRseq

RNA-seq数据挖掘:归一化，特征选择和分类

Bioconductor版本:发行版(3.13)

DaMiRseq包提供了一个整洁的数据挖掘程序管道，以识别转录生物标记物，并利用它们进行二进制和多类分类。该包接受任何类型的数据，以原始计数表的形式呈现，并允许包括实验设置中出现的连续变量和阶乘变量。一系列的功能使用户能够通过筛选基因组特征和样本来清理数据，通过识别和去除不需要的变异源(即批次和混杂因素)来调整数据，并为建模选择最佳预测因子。最后，采用“堆叠”集成学习技术构建鲁棒分类模型。每个步骤都包含一个检查点，用户可以利用该检查点通过查看诊断图来评估数据管理的效果，例如聚类和热图、RLE箱图、MDS或相关图。

作者:Mattia Chiesa < Mattia。Chiesa在hotmail. >，Luca Piacentini

维护者:Mattia Chiesa < Mattia。Chiesa在hotmail. >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DaMiRseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“DaMiRseq”)

PDF	R脚本	RNA-seq数据挖掘:归一化，特征选择和分类- DaMiRseq包
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，SummarizedExperiment，ggplot2
进口	DESeq2，limma，EDASeq，RColorBrewer，股东价值分析，Hmisc，pheatmap，FactoMineR，corrplot，randomForest，e1071，脱字符号，质量，lubridate，plsVarSel，kknn，FSelector，方法，统计，utils，图形，grDevices，reshape2，ineq，手臂，请，RSNNS，刨边机，plyr
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
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建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DaMiRseq_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	DaMiRseq_2.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DaMiRseq_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DaMiRseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DaMiRseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DaMiRseq/
软件包下载报告	下载数据