DMRSCAN
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doi：10.18129/b9.bioc.dmrscan
检测差异甲基化区域
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包使用扫描统计量和潜在的泊松启发式方法检测出明显的差甲基化区域（对于定性和定量性状）。扫描统计量将取决于一系列窗口大小（每个窗口内的CPG＃）以及每个窗口大小的阈值。该阈值可以通过三种不同的方式来计算：i）使用Siegmund et.Al（2012）解决方案（首选），ii）Zhang（2008）和A III的重要采样，以及数据的完整MCMC模型，对数据进行全面的采样，在许多不同选项之间选择用于建模每个CpG之间的依赖关系。
作者：Christian M Page [AUT，CRE]，Linda Vos [AUT]，Trine B Rounge [CTB，DTC]，Hanne F Harbo [THS]，Bettina K Andreassen [aut]
维护者：基督徒M页
引用（从r内，输入引用（“ DMRSCAN”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ dmrscan”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ DMRSCAN”）
| html | R脚本 | DMR扫描小插图 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 3.6.0） |
| 进口 | 矩阵，，，，大量的，，，，rcpproll，，，，基因组机，，，，iranges，，，，GenomeInfodB， 方法，mvtnorm，统计，并行 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，生物管理器 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/christpa/dmrscan |
| BugReports | https://github.com/christpa/dmrscan/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dmrscan_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | dmrscan_1.18.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | dmrscan_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrscan |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmrscan |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/dmrscan/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
