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DMCHMM
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCHMM
基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG
Bioconductor版本:发行版(3.13)
在亚硫酸氢盐测序数据中使用隐马尔可夫模型识别差异甲基化CpG位点的管道。
作者:Farhad Shokoohi [aut, cre]
维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>
引文(从R内，输入引用(“DMCHMM”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“DMCHMM”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 用gmail发送信息 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，fdrtool |
| 进口 | utils, stats, grDevices，rtracklayer，multcomp，校准、图形 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/shokoohi/DMCHMM/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | DMCHMM_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DMCHMM_1.14.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | DMCHMM_1.14.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCHMM |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMCHMM |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DMCHMM/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
