DMCFB

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCFB

通过贝叶斯函数方法差异甲基化胞嘧啶

Bioconductor版本:发布(3.13)

DMCFB是在亚硫酸酯测序数据中使用贝叶斯功能回归模型识别差异甲基化胞嘧啶的管道。通过使用功能回归数据模型，它试图捕获位置特异性、群体特异性和其他协变量特异性甲基化模式，以及甲基化数据的空间相关性模式和未知的潜在模型。它对于真实的底层模型和包含任何协变量具有鲁棒性和灵活性，并且使用位置和样本之间的空间相关性来输入缺失值。该方法采用贝叶斯方法进行估计和推理。

作者:Farhad Shokoohi [aut, cre]

维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DMCFB")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“DMCFB”)

超文本标记语言	R脚本	利用贝叶斯函数回归在BS-Seq数据中识别dmc
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.6.0
在Bioconductor中	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges
进口	跑龙套,统计数据,speedglm，质量，data.table样条函数,手臂，rtracklayer，benchmarkme，宠物猫，matrixStats，fastDummies、图形
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCFB/issues
这取决于我
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包档案

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源包	DMCFB_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DMCFB_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DMCFB_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/DMCFB
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/DMCFB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMCFB/
软件包下载报告	下载数据