deseq2

doi：10.18129/b9.bioc.deseq2

基于负二项式分布的差异基因表达分析

生物导体版本：版本（3.13）

估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性，并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。

作者：Michael Love [Aut，Cre]，Constantin Ahlmann-Eltze [CTB]，Kwame Forbes [CTB]，Simon Anders [Aut，CTB]，Wolfgang Huber [AUT，CTB]，RADIANT EU FP7 [FND]，NIH NHGRI [FND]，NIH NHGRI [fnd]，czi [fnd]

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

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文档

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html	R脚本	用DESEQ2分析RNA-Seq数据
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.32.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（8年）
执照	LGPL（> = 3）
要看	S4VECTORS（> = 0.23.18），iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征（> = 1.1.6）
进口	生物基因（> = 0.7.5），生物酶，，，，生物比较，，，，GeneFilter，方法，stats4，Locfit，，，，Geneplotter，，，，GGPLOT2，，，，RCPP（> = 0.11.0）
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，VSN，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，apeglm，，，，阿什，，，，tximport，，，，tximeta，，，，tximportdata，，，，readr，，，，pbapply，，，，呼吸道，，，，帕西拉（> = 0.2.10），Glmgampoi，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL	https://github.com/mikelove/deseq2
取决于我	Dewseq，，，，dexseq，，，，metaseqr2，，，，RGSEPD，，，，rnaseqdtu，，，，rnaseqgene，，，，seqgsea，，，，TCC，，，，翻译，，，，XBSEQ
进口我	阿纳金，，，，动物库，，，，anota2seq，，，，apalyzer，，，，Bionero，，，，BloodCancermultiomics2017，，，，Brgenomics，，，，CETF，，，，Circrnaprofiler，，，，共识，，，，Coseq，，，，countsimqc，，，，杂交，，，，达米尔塞克，，，，碎片器，，，，分解疾病，，，，变形，，，，DegReport，，，，Deltacapturec，，，，Desubs，，，，差异，，，，EBSEA，，，，EEGC，，，，ERSSA，，，，Exomepeak2，，，，Exphuntersuite，，，，fieldeffectcrc，，，，gdcrnatools，，，，遗传，，，，Genogam，，，，glimma，，，，htsfilter，，，，冰茶，，，，理想的，，，，ihwpaper，，，，检查，，，，兴趣，，，，Isomirs，，，，亲，，，，微生物塑料，，，，mlseq，，，，多方，，，，马斯喀特，，，，nbamseq，，，，ORFIK，，，，校长，，，，Pathostat，，，，PCAEXPLORER，，，，phantasus，，，，proactiv，，，，recountworkflow，，，，雷根里奇，，，，地区报告，，，，报告工具，，，，Ribodipa，，，，rmmquant，，，，rnaseqr，，，，SCBFA，，，，SCGPS，，，，setools，，，，Singlecelltk，，，，Snphood，，，，空间Heatmap，，，，Srnadiff，，，，Systempiper，，，，SystemPipetools，，，，tbsignatureprofiler，，，，次级表演，，，，umi4cats，，，，vidger，，，，瓦肯
建议我	骨料，，，，apeglm，，，，小班夫，，，，生物室，，，，生物基因，，，，生物剂，，，，生物群，，，，卡格，，，，CageWorkFlow，，，，compcoder，，，，策展adipochip，，，，策展人，，，，dearseq，，，，德芬德，，，，diffloop，，，，Dittoseq，，，，EDASEQ，，，，增强的Volcano，，，，富集兄弟，，，，鱼池，，，，氟化物学，，，，量规，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，Glmgampoi，，，，hicdcplus，，，，ihw，，，，Interactivecomplexheatmap，，，，JCTSEQDATA，，，，Mirmine，，，，关键，，，，PCATOOLS，，，，门索，，，，后代，，，，恰当的，，，，叙事，，，，regparallel，，，，Ruvseq，，，，斯克兰，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，subseq，，，，总结，，，，SystemPipeshiny，，，，tfea.chip，，，，tidybulk，，，，topaseq，，，，TopConfects，，，，tximeta，，，，tximport，，，，方差分区，，，，扳手，，，，Zinbwave
链接到我
构建报告

包装档案

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源包	deseq2_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	deseq2_1.32.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	deseq2_1.32.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deseq2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/deseq2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/deseq2/
软件包下载报告	下载统计