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DEScan2
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DOI:10.18129 / B9.bioc.DEScan2
差异富集扫描2
生物导体版本:发布(3.13)
集成峰值和差分呼叫，专为广泛的表观基因组信号设计。
作者:Dario Righelli, John Koberstein, Bruce Gomes, Nancy Zhang, Claudia Angelini, Lucia Peixoto, Davide Risso
维护者:Dario Righelli < Dario。在gmail.com righelli >
引文(从R中输入引用(“DEScan2”)):
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEScan2")
有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“DEScan2”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | DEScan2装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.12.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.7 (R-3.5)(3年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.5),GenomicRanges |
| 进口 | BiocParallel,BiocGenerics,ChIPpeakAnno,data.table,DelayedArray,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,胶水,IRanges,plyr,Rcpp(> = 0.12.13),rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.19),SummarizedExperiment、工具、跑龙套 |
| 链接 | Rcpp,RcppArmadillo |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,刨边机,limma,EDASeq,RUVSeq,RColorBrewer,statmod |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | DEScan2_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | DEScan2_1.12.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | DEScan2_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEScan2 |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEScan2 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DEScan2/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
