DAMEfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.DAMEfinder

发现DAMEs -差异等位基因甲基化区域

Bioconductor版本:Release (3.15)

'DAMEfinder'提供了获取methtuple或bismark输出来计算ASM分数和计算DAMEs的功能。它还提供了很好的甲基圆图的可视化。

作者:Stephany Orjuela [aut, cre],达尼娅·马赫拉布[aut],马克·罗宾逊[aut]

维护:Stephany Orjuela

引文(从R内,输入引用(“DAMEfinder”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DAMEfinder”)

超文本标记语言 R脚本 DAMEfinder工作流
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 统计数据,GenomeInfoDbGenomicRangesIRangesS4VectorsreadrSummarizedExperimentGenomicAlignmentsstringrplyrVariantAnnotation平行,ggplot2RsamtoolsBiocGenerics、方法、limmabumphunterBiostringsreshape2cowplot,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatrtracklayerBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/markrobinsonuzh/DAMEfinder/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DAMEfinder_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 DAMEfinder_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DAMEfinder_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DAMEfinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DAMEfinder
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DAMEfinder/
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