CytoTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoTree

流式和大规模细胞术数据工具箱

Bioconductor版本:Release (3.15)

用于流式和大规模细胞术数据的轨迹推断工具包。CytoTree是一种很有价值的工具，可以使用流式和海量细胞术数据构建树形轨迹。细胞树的应用范围从聚类和降维到轨迹重建和伪时间估计。它提供了完整的流式和流式细胞仪数据分析工作流。

作者:戴玉婷[aut, cre]

维护者:戴玉婷

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CytoTree”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，igraph
进口	FlowSOM，Rtsne，ggplot2，命运，gmodels，flowUtils，Biobase，矩阵，flowCore，股东价值分析，matrixStats、方法、mclust，prettydoc，RANN(> = 2.5),Rcpp(> = 0.12.0),BiocNeighbors，集群，pheatmap，scatterpie，umap，scatterplot3d，limma，stringr， grDevices, grid, stats
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics，knitr，RColorBrewer，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttps://github.com/JhuangLab/CytoTree
BugReports	https://github.com/JhuangLab/CytoTree/issues
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构建报告

包档案

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源包	CytoTree_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	CytoTree_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoTree
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CytoTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CytoTree/
软件包下载报告	下载数据