CoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoGAPS

模式集中的协调基因活动

Bioconductor版本:Release (3.15)

协同基因活动模式集(CoGAPS)实现了一种贝叶斯MCMC矩阵分解算法，gap，并将其与基因集统计方法联系起来，以推断生物过程活动。它可以对任何数据进行稀疏矩阵分解，当该数据代表生物分子时，可以进行基因集分析。

作者:Thomas Sherman, Wai-shing Lee, Conor Kelton, Ondrej Maxian, Jacob Carey, Genevieve Stein-O'Brien, Michael Considine, Maggie Wodicka, John Stansfield, Shawn Sivy, Carlo Colantuoni, Alexander Favorov, Mike Ochs, Elana Fertig

维护者:Elana J. Fertig ， Thomas D. Sherman ， Jeanette Johnson

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CoGAPS”)

超文本标记语言	R脚本	CoGAPS
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	3.16.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(12年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	BiocParallel，集群、方法、gplots，图形，grDevices，RColorBrewer，Rcpp，S4Vectors，SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment，工具，utils，rhdf5
链接	Rcpp，黑洞
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	projectR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CoGAPS_3.16.0.tar.gz
Windows二进制	CoGAPS_3.16.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CoGAPS_3.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoGAPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoGAPS/
软件包下载报告	下载数据