染色体

doi：10.18129/b9.bioc.chromscape

使用闪亮应用程序分析单细胞表观基因组学数据集

生物导体版本：版本（3.15）

染色质 - 单细胞的染色质景观景观 - 是一个即将发布的用户友好型光泽应用程序，用于分析单细胞表观基因组学数据集（SCCHIP-SEQ，SCATAC-SEQ，SCATAC-SEQ，SCCUT＆TAG，...）分析和基因集富集分析。它具有高度交互性，使用户能够保存他们的分析并涵盖广泛的分析步骤：QC，预处理，过滤，批处理校正，降低维度降低，近距离化，聚类，差异分析和基因集分析。

作者：Pacome Prompsy [AUT，CRE]，Celine Vallot [aut]

维护者：pacome prompsy

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Chromscape”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“铬景”）

html	R脚本	染色体
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	闪亮的，，，，颜色，，，，Shinyjs，，，，rtracklayer，，，，光泽，，，，Skinhelper，，，，闪亮的widgets，，，，ShinyDashboardPlus，，，，Shinycsssloaders，，，，矩阵，，，，情节，，，，发光的dashboard，，，，柱面，，，，KableExtra，，，，维里迪斯，，，，Batchelor，，，，生物比较， 平行，rsamtools，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，gggenes，，，，栅格，，，，Qualv，，，，字符串，，，，FS，，，，QS，，，，DT，，，，斯克兰，，，，评分，，，，共识ClusterPlus，，，，RTSNE，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，基因组机，，，，iranges，，，，irlba，，，，rlist，，，，UMAP，，，，蒂布尔， 方法，jsonlite，，，，EDGER，统计，图形，grdevices，utils，S4VECTORS，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，msigdbr，，，，福卡，，，，RCPP，，，，鸡舍，，，，matrixtests，，，，延迟
链接	RCPP
建议	测试，，，，尼特，，，，降价，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，Signac，，，，未来，，，，Igraph，，，，Bluster，，，，httr
系统要求
增强
URL	https://github.com/vallotlab/chromscape
BugReports	https://github.com/vallotlab/chromscape/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chromscape_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	chromscape_1.6.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	chromscape_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromscape
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/chromscape
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/chromscape/
软件包下载报告	下载统计