ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:版本(3.15)

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包。

作者:丽华朱莉·朱Jianhong Ou,小君,凯,叫海波Liu Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森瑞恩•汤普森大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPpeakAnno”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPpeakAnno”)

HTML	R脚本	ChIPpeakAnno注释管道
HTML	R脚本	ChIPpeakAnno常见问题
HTML	R脚本	ChIPpeakAnno快速启动
HTML	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	3.30.1
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(12.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.5),方法,IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.47.6),DBI,dplyr,ensembldb,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,RBGL,Rsamtools,SummarizedExperiment,维恩图,biomaRt,ggplot2grDevices,图、图形、网格InteractionSet,KEGGREST,matrixStats,乘,地区,rtracklayer统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,BSgenome,limma,reactome.db,BiocManager,BiocStyle,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,org.Ce.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,DelayedArray,印尼盾,seqinr,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,GO.db,gplots,UpSetR,knitr,rmarkdown,testthat,trackViewer,motifStack,OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	REDseq,火神
进口我	ATACseqQC,DEScan2,GUIDEseq
建议我	chipseqDB,R3CPET,seqsetvis
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPpeakAnno_3.30.1.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.30.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	ChIPpeakAnno_3.30.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPpeakAnno
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.15源码包	源存档