chipanalyser
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.chipanalyser
chipanalyser：预测转录因子结合位点
生物导体版本：版本（3.15）
基于统计热力学框架，Chipanalyser试图产生类似芯片的轮廓。该模型依赖于四个考虑：可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分，DNA可访问性在转录因子结合中起作用，结合曲线取决于与DNA结合的转录因子的数量和最终结合能（另一种方式）描述PWM的）或结合特异性应进行调制（因此引入结合特异性调制器）。Chipanalyser的最终结果是产生模拟真实芯片曲线的曲线，并在将其与真实芯片seq数据进行比较后提供这些预测概况的准确度测量。最终目标是产生像曲线的曲线，以预测chip-seq类似曲线，以规避产生昂贵的芯片seq实验的需求。
作者：Patrick C.N.Martin和Nicolae Radu Zabet
维护者：帕特里克C.N.Martin
引用（从r内，输入引用（“ chipanalyser”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Chipanalyser”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Chipanalyser”）
| R脚本 | chipanalyser用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），基因组机，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，rcpproll， 平行 |
| 进口 | 方法，iranges，，，，S4VECTORS，grdevices，图形，统计，utils，rtracklayer，，，，rocr，，，，生物管理器，，，，GenomeInfodB |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，尼特，，，，运行，，，，生物基因 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | chipanalyser_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | chipanalyser_1.18.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | chipanalyser_1.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipanalyser |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/chipanalyser |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/chipanalyser/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
