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ChIPXpress
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress
ChIPXpress:增强目标基因转录因子识别从ChIP-seq ChIP-chip使用公开的基因表达谱数据
Bioconductor版本:版本(3.15)
ChIPXpress采取作为输入预测ChIPx TF结合基因数据和使用相应的基因表达谱数据库从NCBI地理下载排名TF绑定目标的基因最有可能功能特遣部队的目标。
作者:乔治·吴
维护人员:乔治·吴< georgetwu gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ChIPXpress”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPXpress”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ChIPXpress”)
| R脚本 | ChIPXpress | |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.40.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(10年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R (> = 2.10),ChIPXpressData |
| 进口 | Biobase,GEOquery,frma,affy,bigmemory,biganalytics |
| 链接 | |
| 建议 | mouse4302frmavecs,mouse4302.db,mouse4302cdf,RUnit,BiocGenerics |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ChIPXpress_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13(高山脉) | ChIPXpress_1.40.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPXpress |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPXpress/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
