ChIPSeqSpike

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPSeqSpike

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ChIP-Seq数据比例根据激增的控制

Bioconductor版本:版本(3.13)

染色质Immuno-Precipitation紧随其后测序(ChIP-Seq)是用来确定任何感兴趣的蛋白的结合位点,如转录因子或组蛋白有或没有一个具体的修改,在基因组范围内。协议的许多步骤可以引入偏见使ChIP-Seq比定量定性。例如,它表明全球组蛋白修饰的差异不被传统下游数据标准化技术。案例研究报告没有差异,组蛋白H3 lysine-27三甲基(H3K27me3)在Ezh2抑制剂治疗。为了解决这个问题,外部激增控制被用来跟踪技术条件之间的偏见。插入外源DNA从不同non-closely相关物种在协议来推断扩展因素使一个精确的正常化,从而揭示了抑制剂的效果。ChIPSeqSpike提供工具ChIP-Seq激增正常化。准备使用缩放权贵文件和缩放因子值作为输出。ChIPSeqSpike还提供了工具ChIP-Seq激增评估和分析通过一个通用的图形函数的集合。

作者:尼古拉斯Descostes

维护人员:尼古拉斯Descostes < nicolas.descostes gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPSeqSpike”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

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版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),rtracklayer(> = 1.37.6)
进口	工具,stringr,Rsamtools,GenomicRanges,IRanges,seqplots,ggplot2,迷幻药,corrplot、方法、统计grDevices,图形,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors
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建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
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包档案

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源包
Windows二进制	ChIPSeqSpike_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPSeqSpike
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPSeqSpike
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPSeqSpike/
包下载报告	下载数据