ChIPQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC

ChIPseq数据的质量度量

Bioconductor版本:发行版(3.15)

ChIPseq数据的质量度量。

作者:Tom Carroll, Wei Liu, Ines de Santiago, Rory Stark

维护人员:Tom Carroll ， Rory Stark < Rory。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIPQC")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPQC”)

PDF	R脚本	用ChIPQC评估ChIP-seq样品质量
PDF		ChIPQCSampleReport.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

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版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5.0),ggplot2，DiffBind，GenomicRanges(> = 1.17.19)
进口	BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools，BiocParallel、方法、reshape2，喷嘴。R1，Biobase， grDevices, stats, utils，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPQC_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPQC_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPQC_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/
包下载报告	下载数据