CellaRepertorium

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellaRepertorium

单细胞免疫受体组(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)的数据结构、聚类和检验

Bioconductor版本:发行版(3.16)

方法聚类和分析高通量单细胞免疫细胞库,特别是来自10X Genomics VDJ解决方案。包含一个到CD-HIT的R接口(Li和Godzik 2006)。对轻重链数据进行可视化分析的方法。在超几何模型下的特定展开性测试,以及综合寡克隆性测试。

作者:Andrew McDavid [aut, cre], Yu Gu [aut], Erik VonKaenel [aut], Aaron Wagner [aut], Thomas Lin Pedersen [ctb]

维护者:Andrew McDavid

引文(从R内,输入引用(“CellaRepertorium”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CellaRepertorium”)

超文本标记语言 R脚本 介绍CellaRepertorium
超文本标记语言 R脚本 库CDR3序列的聚类和差异使用
超文本标记语言 R脚本 结合曲目与表达式与singlecelexperiment
超文本标记语言 R脚本 基于ui的库数据的质量控制与探索
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细节

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版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.0)
进口 dplyr宠物猫stringrBiostringsRcppreshape2、方法、rlang(> = 0.3),purrr矩阵S4VectorsBiocGenericstidyrforcats进步,统计,utils,泛型胶水
链接 Rcpp
建议 testthatreadrknitrrmarkdownggplot2BiocStyleggdendro扫帚lme4RColorBrewerSingleCellExperimentbroom.mixedcowplotigraphggraph
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium
BugReports https://github.com/amcdavid/CellaRepertorium/issues
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包档案

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源包 CellaRepertorium_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 CellaRepertorium_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) CellaRepertorium_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) CellaRepertorium_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellaRepertorium
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellaRepertorium
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/CellaRepertorium/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CellaRepertorium/
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