CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

分支轨迹的重建、可视化和分析

生物导体版本:发布(3.12)

CellTrails是一种无监督算法，用于重新排序，可视化和分析单细胞表达数据。CellTrails利用了低维流形学习的几何动机概念，它展示了许多优点，抵消了单个细胞数据的内在噪声，这些噪声是由辍学、技术差异和预测变量的冗余造成的。CellTrails支持分支轨迹的重建，并提供了沿着所有分支同时表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断个体和多个途径的表达动态走向不同的表型。

作者:Daniel Ellwanger [aut, cre, cph]

维护者:Daniel Ellwanger

安装

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如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“CellTrails”)

PDF	R脚本	细胞轨迹:根据单细胞表达数据重建、可视化和分析分支轨迹
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细节

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版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics,Biobase,cba,dendextend,dtw,EnvStats,ggplot2,ggrepelgrDevices,igraph,maptree、方法、mgcv,reshape2,Rtsne、统计数据、样条函数SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,命运,RUnit,嘘,食物,knitr,org.Mm.eg.db,rmarkdown
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包档案

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源包	CellTrails_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CellTrails_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellTrails
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
包下载报告	下载数据