CellBarcode

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellBarcode

细胞DNA条形码分析工具包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包执行细胞DNA条形码(遗传谱系追踪)分析。该软件包可以处理所有类型的DNA条形码，只要在单个测序中的条形码读取并具有可以用正则表达式匹配的模式。该软件包可以处理具有灵活长度的条形码，有或没有UMI(唯一分子标识符)。该工具还可用于一些扩增子测序的预处理，如CRISPR gRNA筛选、免疫库测序和元基因组数据。

作者:孙文杰[cre]， Anne-Marie Lyne [aut]， Leila Perie [aut]

维护者:Wenjie Sun

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellBarcode”)

超文本标记语言	R脚本	10 x_barcode
超文本标记语言	R脚本	UMI_Barcode
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文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 1.0.5),data.table(> = 1.12.6),plyr，ggplot2，stringr，magrittr，ShortRead(> = 1.48.0),Biostrings(> = 2.58.0),蛋，Ckmeans.1d.dp跑龙套,S4Vectors，seqinr，zlibbioc
链接	Rcpp，黑洞
建议	BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellBarcode_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CellBarcode_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	CellBarcode_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CellBarcode_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellBarcode
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellBarcode
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellBarcode/
软件包下载报告	下载数据