CRISPRSEEK
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.crisprseek
CRISPR-CAS9中针对特定目标指南的设计，基因组编辑系统
生物导体版本：版本（3.13）
该软件包包括为CRISPR编辑系统找到潜在的指南RNA的功能，得分，等级，提取侧序序列，并指示目标和脱离目标是否位于外显子区域。潜在的指南RNA带有TOP5和顶部脱离目标的总分，详细的TOPN不匹配位点，限制性酶切割位点以及配对的指南RNA。该包还为CAS9目标站点输出Indels及其频率。
作者：Lihua Julie Zhu，Benjamin R. Holmes，HervéPagès，Hui Mao，Michael Lawrence，Isana Veksler-Lublinsky，Victor Ambros，Neil Aronin和Michael Brodsky
维护者：Lihua Julie Zhu
引用（从r内，输入引用（“ CRISPRSEEK”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ crisprseek”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Crisprseek”）
| R脚本 | CRISPRSEEK VIGNETTE | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.32.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.14（R-3.1）（7年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.0.1），生物基因，，，，生物弦 |
| 进口 | 平行，Data.Table，，，，seqinr，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，BSGENOME，，，，生物比较，，，，哈希， 方法，网状，，，，RHDF5 |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | CRISPRSEEKPLUS |
| 进口我 | Guideseq，，，，Multicrispr |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | crisprseek_1.32.0.tar.gz |
| Windows二进制 | crisprseek_1.32.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | CRISPRSEEK_1.32.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprseek |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/crisprseek |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/crisprseek/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
