可可

DOI：10.18129 / b9.bioc.cocoa.

协调协调分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

可可是一种了解样品中表观遗传变异的方法。可可可以与表观遗传数据一起使用，包括基因组坐标和表观遗传信号，例如DNA甲基化和染色质可接近性数​​据。为了描述高级的方法，Cocoa量量化了具有监督或无监督的技术的采样间变化，然后使用“区域集”数据库来注释样本之间的变化。区域组是一组基因组区域，其共享生物注释，例如转录因子（TF）结合区域，组蛋白修饰区域或开放染色质区域。可可可以识别与样本之间与表观遗传变异相关的区域集，并增加对数据变化的理解。

作者：John Lawson [Aut，Cre]，Nathan Sheffield [Aut]（http://www.databio.org），jason smith [ctb]

维护者：John Lawson

安装

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版本	2.4.0
在生物导体中以来	BIOC 3.8（R-3.5）（2.5岁）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.5），Genomicranges.
进口	生物根系那S4Vectors.那绞喉那data.table.那ggplot2.那BioBase.，统计，方法，ComplexHeatMap.那米拉那Tidyr.，grid，grdevices，simplecache.那Fitdistrplus.
链接到
建议	kn， 平行，testthat.那生物焦那RAMAMAMDOW.那annotationhub.那萝拉
系统要求
加强
URL.	http://code.databio.org/cocoa/
Bugreports.	https://github.com/databio/cocoa.
取决于我
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包档案包

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源包	cocoa_2.4.0.tar.gz.
Windows二进制文件	cocoa_2.4.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	cocoa_2.4.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cocoa.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/可可
包短网址	https://biocumon.org/packages/cocoa/
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