cnvgears

doi:10.18129/b9.bioc.cnvgears

一个函数框架,要组合,分析和解释CNV调用结果

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包包含一组功能,可以在CNV上执行几种类型的处理和分析,以呼叫管道/算法以集成方式和不论原始数据类型(SNP Array或ngs)而产生。它提供了将多个CNV调用结果组合到单个对象,过滤它们,计算CNVR(CNV区域)和继承模式,检测基因负载等等的功能。该包装最适合于人类家庭的同伙研究。

作者:Simone Montalbano [CRE,AUT]

维护者:Simone Montalbano

引用(从r内,输入引用(“ cnvgears”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ CNVGEARS”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ cnvgears”)

html R脚本 CNVGEARS软件包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.13(R-4.1)(1年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 4.1),Data.Table
进口 GGPLOT2
链接
建议 变体,,,,延迟,,,,尼特,,,,Biomart,,,,evobir,,,,rmarkDown,,,,DevTools,,,,牛仔图,,,,用这个,,,,,,,,测试,,,,基因组机,,,,CN. -ops,,,,r.utils
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/sinomem/cnvgears/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 cnvgears_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 cnvgears_1.4.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) cnvgears_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cnvgears
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/cnvgears
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/cnvgears/
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