CNVMetrics

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVMetrics

拷贝数变异指标

Bioconductor版本:版本(3.16)

CNVMetrics包计算相似性度量来促进拷贝数变异比较样品和/或方法。相似性度量可以用来比较CNV的无关的基因样本以及那些有共同的遗传背景。有些指标是基于共享放大/删除区域,而其他指标依赖程度的放大/删除。作为输入使用的数据类型是一个纯文本文件,它包含基因拷贝数变化的位置,以及地位和/或log2比率值。最后,提供了一个可视化工具探索得到的指标。

作者:阿斯特丽德Deschenes (aut (cre)Pascal Belleau (aut)David a . Tuveson (aut),亚历山大Krasnitz (aut)

维护人员:阿斯特丽德Deschenes < adeschen hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVMetrics”)

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文档

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HTML	R脚本	拷贝数变异指标
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocParallel、方法、magrittr统计数据,pheatmap,gridExtra,grDevices
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetricshttps://krasnitzlab.github.io/CNVMetrics/
BugReports	https://github.com/krasnitzlab/CNVMetrics/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVMetrics_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CNVMetrics_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CNVMetrics_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	CNVMetrics_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVMetrics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVMetrics
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNVMetrics/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVMetrics/
包下载报告	下载数据