CNAnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNAnorm

拷贝数差的归一化法癌症样本

Bioconductor版本:版本(3.17)

执行比例,GC含量校正和标准化的数据获得使用低覆盖率(一个阅读每100 - 10000 bp)高troughput测序。它执行一个“离散”正常化寻找基因组的倍性。它还将提供肿瘤内容如果可以找到至少两倍性状态。

作者:斯特凡诺拜里< sberri illumina.com >、亨利·m·伍德<莫莱森在leeds.ac木材。英国> Arief Gusnanto <。在leeds.ac.uk gusnanto >

维护人员:斯特凡诺拜里< sberri illumina.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNAnorm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	CNAnorm.pdf
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细节

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版本	1.46.1
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.10.1)方法
进口	DNAcopy
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.org
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNAnorm_1.46.1.tar.gz
Windows二进制	CNAnorm_1.46.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CNAnorm_1.46.1.tgz
macOS二进制(arm64)	CNAnorm_1.46.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNAnorm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNAnorm
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CNAnorm/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNAnorm/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档