CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

染色体不稳定指数

生物导体版本:发布(3.12)

CINdex软件包解决了高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析由Affymetrix SNP 6.0阵列或类似的高通量技术生成的实验DNA拷贝数数据。它计算了染色体不稳定性(CIN)指数，该指数可以定量地表征全基因组DNA拷贝数的改变，作为染色体不稳定性的衡量标准。这个软件包不仅计算了基因组的整体不稳定性，而且还计算了在染色体和细胞带水平上拷贝数增益和损失的不稳定性。

作者:Song Lei, Krithika Bhuvaneshwar, Yue Wang, Yuanjian Feng, Ie-Ming Shih, Subha Madhavan, Yuriy Gusev

维护者:Yuriy Gusev

安装

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	bitops,gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院,dplyr,gridExtra,png,stringr,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb，图像，统计，效用
链接
建议	knitr,testthat,ReactomePA,RUnit,BiocGenerics,AnnotationHub,rtracklayer,pd.genomewidesnp.6,org.Hs.eg.db,biovizBase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings,Homo.sapiens
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包档案

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源包	CINdex_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CINdex_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CINdex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CINdex/
包下载报告	下载数据