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CIMICE
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CIMICE
CIMICE-R:马尔可夫链方法Inferr癌症进化
Bioconductor版本:版本(3.16)
CIMICE工具在肿瘤领域的系统发生学和它的目标是建立一个马尔可夫链(称为癌症恶化马尔可夫链,中国石油物资公司)为了进化模型肿瘤亚型。CIMICE是一个突变的输入矩阵,因此一个布尔矩阵代表改变基因样本的集合。这些示例都假定为获得单细胞DNA分析技术和工具是专门编写使用这些数据的特点CMPC建设。
作者:尼科洛罗西(aut (cre) (Lab.计算生物学和生物信息学,数学系、计算机科学和物理,乌迪内大学
维护人员:尼科洛罗西< olocin。在gmail.com issor >
从内部引用(R,回车引用(“CIMICE”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CIMICE”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“CIMICE”)
| HTML | R脚本 | CIMICE-R:马尔可夫链方法来推断癌症进化 |
| HTML | R脚本 | 快速指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | |
| 进口 | dplyr,ggplot2,胶水,tidyr,igraph,networkD3,visNetwork,ggcorrplot,purrr,ggraph,统计,跑龙套,maftools,为了,tidygraph,expm,矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,webshot |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/redsnic/CIMICE |
| BugReports | https://github.com/redsnic/CIMICE/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | CIMICE_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CIMICE_1.6.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | CIMICE_1.6.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | CIMICE_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CIMICE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CIMICE |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CIMICE/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CIMICE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
